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- PDB-4uvi: Discovery of pyrimidine isoxazoles InhA in complex with compound 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uvi
タイトルDiscovery of pyrimidine isoxazoles InhA in complex with compound 23
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHA / ACP ENOYL REDUCTASE / FBLG / PYRIMIDINE ISOXAZOLE
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KXU / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Read, J.A. / Gingell, H. / Madhavapeddi, P. / Ghorpade, S. / Cowan, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hitting the Target in More Than One Way: Novel, Direct Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis Enoyl Acp Reductase
著者: Madhavapeddi, P. / Kale, R.R. / Cowen, S.D. / Ghorpade, S.R. / Davies, G. / Bellale, E.V. / Kale, M.G. / Srivastava, A. / Spadola, L. / Kawatkar, A. / Raichurkar, A.V. / Tonge, M. / ...著者: Madhavapeddi, P. / Kale, R.R. / Cowen, S.D. / Ghorpade, S.R. / Davies, G. / Bellale, E.V. / Kale, M.G. / Srivastava, A. / Spadola, L. / Kawatkar, A. / Raichurkar, A.V. / Tonge, M. / Nandishaiah, R. / Guptha, S. / Narayan, A. / Gingell, H. / Plant, D. / Landge, S. / Menasinakai, S. / Prabhakar, K.R. / Achar, V. / Ambady, A. / Sambandamurthy, V.K. / Ramachandran, V. / Panduga, V. / Reddy, J. / Kumar, C.N.N. / Kaur, P. / Shandil, R. / Iyer, P.S. / Narayanan, S. / Read, J.A.
履歴
登録2014年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,35112
ポリマ－114,2194
非ポリマー4,1318
水15,817878
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19770 Å2
ΔGint-132.8 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.144, 111.656, 67.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: M9TGV3, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-KXU / 5-{[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)sulfanyl]methyl}-N-[(2-methylpyridin-4-yl)methyl]-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 369.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N5O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月21日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→77 Å / Num. obs: 331121 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→66.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9567 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 4764 5 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
obs0.17 95241 95.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9844 Å20 Å2-0.2631 Å2
2---0.1924 Å20 Å2
3----0.792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→66.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7618 0 280 878 8776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018091HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0111045HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2675SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes159HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1284HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8091HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1098SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10041SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3624 270 4.51 %
Rwork0.3088 5714 -
all0.3111 5984 -
obs--95.58 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.201113.453628.6247
223.0261-19.408412.6874
34.93912.0853-1.4256
428.93512.944734.9305
514.5043-0.036118.7045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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