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万見
- PDB-4uuq: Crystal structure of human mono-glyceride lipase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uuq
タイトルCrystal structure of human mono-glyceride lipase in complex with SAR127303
要素MONOGLYCERIDE LIPASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / アシルグリセロールリパーゼ / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / acylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / アシルグリセロールリパーゼ / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / acylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain / lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / regulation of inflammatory response / 炎症 / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-64D / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Griebel, G. / Pichat, P. / Beeske, S. / Leroy, T. / Redon, N. / Francon, D. / Bert, L. / Even, L. / Lopez-Grancha, M. / Tolstykh, T. ...Griebel, G. / Pichat, P. / Beeske, S. / Leroy, T. / Redon, N. / Francon, D. / Bert, L. / Even, L. / Lopez-Grancha, M. / Tolstykh, T. / Sun, F. / Yu, Q. / Brittain, S. / Arlt, H. / He, T. / Zhang, B. / Wiederschain, D. / Bertrand, T. / Houtman, J. / Rak, A. / Vallee, F. / Michot, N. / Auge, F. / Menet, V. / Bergis, O.E. / George, P. / Avenet, P. / Mikol, V. / Didier, M. / Escoubet, J.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Selective Blockade of the Hydrolysis of the Endocannabinoid 2-Arachidonoylglycerol Impairs Learning and Memory Performance While Producing Antinociceptive Activity in Rodents.
著者: Griebel, G. / Pichat, P. / Beeske, S. / Leroy, T. / Redon, N. / Jacquet, A. / Francon, D. / Bert, L. / Even, L. / Lopez-Grancha, M. / Tolstykh, T. / Sun, F. / Yu, Q. / Brittain, S. / Arlt, H. ...著者: Griebel, G. / Pichat, P. / Beeske, S. / Leroy, T. / Redon, N. / Jacquet, A. / Francon, D. / Bert, L. / Even, L. / Lopez-Grancha, M. / Tolstykh, T. / Sun, F. / Yu, Q. / Brittain, S. / Arlt, H. / He, T. / Zhang, B. / Wiederschain, D. / Bertrand, T. / Houtmann, J. / Rak, A. / Vallee, F. / Michot, N. / Auge, F. / Menet, V. / Bergis, O.E. / George, P. / Avenet, P. / Mikol, V. / Didier, M. / Escoubet, J.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONOGLYCERIDE LIPASE
B: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2514
ポリマ－70,5852
非ポリマー6662
水4,342241
1
A: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

A: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

A: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

A: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5018
ポリマ－141,1704
非ポリマー1,3314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-38.7 kcal/mol
Surface area46120 Å2
手法PISA
2
B: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

B: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

B: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子

B: MONOGLYCERIDE LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5018
ポリマ－141,1704
非ポリマー1,3314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-38.6 kcal/mol
Surface area45240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.250, 126.260, 138.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 MONOGLYCERIDE LIPASE / MGL / HU-K5 / LYSOPHOSPHOLIPASE HOMOLOG / LYSOPHOSPHOLIPASE-LIKE / MONOACYLGLYCEROL LIPASE / MAGL / MGLL


分子量: 35292.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99685, アシルグリセロールリパーゼ
#2: 化合物 ChemComp-64D / 4-({[(4-chlorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)piperidine-1-carboxylic acid


分子量: 332.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17ClN2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 6 / 詳細: MES BUFFER 50MM PH6.0, MPD 40%(V/V) AT 4C

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9814
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→73.32 Å / Num. obs: 20609 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 52.356 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.36→2.5 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.5.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JW8

3jw8


解像度: 2.36→73.32 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: COVALENT BONDING BETWEEN CLEAVED LIGAND AND SERINE 132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 2986 10.09 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.215 29604 94.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.53157145 Å20 Å20 Å2
2--3.22051862 Å20 Å2
3----10.75209006 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→73.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 40 241 4685
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.5 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 464 9.69 %
Rwork0.2185 4326 -
all0.2228 4790 -
obs--94.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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