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- PDB-4uu2: Ferulic acid decarboxylase from Enterobacter sp., single mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uu2
タイトルFerulic acid decarboxylase from Enterobacter sp., single mutant
要素FERULIC ACID DECARBOXYLASE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Phenolic acid decarboxylase / Phenolic acid decarboxylase (PAD) / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / PHOSPHATE ION / Ferulic acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTER SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Hromic, A. / Pavkov-Keller, T. / Steinkellner, G. / Lyskowski, A. / Wuensch, C. / Gross, J. / Fuchs, M. / Fauland, K. / Glueck, S.M. / Faber, K. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Adv. Synth. Catal. / 年: 2015
タイトル: Regioselective Enzymatic Beta-Carboxylation of Para-Hydroxy-Styrene Derivatives Catalyzed by Phenolic Acid Decarboxylases.
著者: Wuensch, C. / Pavkov-Keller, T. / Steinkellner, G. / Gross, J. / Fuchs, M. / Hromic, A. / Lyskowski, A. / Fauland, K. / Gruber, K. / Glueck, S.M. / Faber, K.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERULIC ACID DECARBOXYLASE
B: FERULIC ACID DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7687
ポリマ－38,3112
非ポリマー4575
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-55.4 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.210, 83.880, 132.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 FERULIC ACID DECARBOXYLASE


分子量: 19155.430 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROBACTER SP. (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C6F3U5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 AND 25 % W/V PEG 3350 20MG/ML PROTEIN (IN 100 MM SUCCINIC ACID, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE MONOHYDRATE AND GLYCINE, PH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97939
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→41.9 Å / Num. obs: 71286 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 16.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.49→1.59 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE OF THE SAME PROTEIN

解像度: 1.49→41.94 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE BOTH, PO4 AND SO4 IONS, PRESENT IN CRYSTALLIZATION SETUP. BOTH COULD BE FITTED AS SOLVENT MOLECULES BUT WE CAN NOT BE SURE WHETHER PO4 OR SO4 IS CORRECT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 3608 5.1 %
Rwork0.1582 --
obs0.1592 71216 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→41.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 25 478 3187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7511031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.50960.32191250.30412151X-RAY DIFFRACTION82
1.5096-1.53030.33551420.28742297X-RAY DIFFRACTION90
1.5303-1.55220.28851580.25732499X-RAY DIFFRACTION96
1.5522-1.57530.28631330.23162588X-RAY DIFFRACTION100
1.5753-1.59990.24131310.21932581X-RAY DIFFRACTION100
1.5999-1.62620.25691450.20972625X-RAY DIFFRACTION100
1.6262-1.65420.23741290.20212603X-RAY DIFFRACTION100
1.6542-1.68430.20191450.19432595X-RAY DIFFRACTION100
1.6843-1.71670.24031160.18482647X-RAY DIFFRACTION100
1.7167-1.75170.2171250.18092568X-RAY DIFFRACTION99
1.7517-1.78980.19381460.17482610X-RAY DIFFRACTION99
1.7898-1.83150.20871400.16712602X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.87730.18661340.16192620X-RAY DIFFRACTION100
1.8773-1.9280.17781310.16242616X-RAY DIFFRACTION100
1.928-1.98480.18181410.14962618X-RAY DIFFRACTION100
1.9848-2.04880.19841380.15322643X-RAY DIFFRACTION100
2.0488-2.1220.16291370.15362595X-RAY DIFFRACTION100
2.122-2.2070.1711320.14462656X-RAY DIFFRACTION100
2.207-2.30740.17981570.14742621X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.42910.2051260.15592641X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.58120.18161380.15422642X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.78050.17241230.15762689X-RAY DIFFRACTION100
2.7805-3.06020.18191410.1622670X-RAY DIFFRACTION100
3.0602-3.50290.15461590.15032674X-RAY DIFFRACTION100
3.5029-4.41250.12791600.12322711X-RAY DIFFRACTION100
4.4125-41.95660.13771560.13622846X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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