[日本語] English
万見
- PDB-4usq: Structure of flavin-containing monooxygenase from Cellvibrio sp. BR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4usq
タイトルStructure of flavin-containing monooxygenase from Cellvibrio sp. BR
要素PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN / FAD / NAD(P)H
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種CELLVIBRIO SP. BR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Jensen, C.N. / Ali, S.T. / Allen, M.J. / Grogan, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Catal. / 年: 2014
タイトル: Exploring Nicotinamide Cofactor Promiscuity in Nad(P)H-Dependent Flavin Containing Monooxygenases (Fmos) Using Natural Variation within the Phosphate Binding Loop. Structure and ...タイトル: Exploring Nicotinamide Cofactor Promiscuity in Nad(P)H-Dependent Flavin Containing Monooxygenases (Fmos) Using Natural Variation within the Phosphate Binding Loop. Structure and Activity of Fmos from Cellvibrio Sp. Br and Pseudomonas Stutzeri NF13
著者: Jensen, C.N. / Ali, S.T. / Allen, M.J. / Grogan, G.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
F: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5394
ポリマ－78,9682
非ポリマー1,5712
水73941
1
A: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
F: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

A: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
F: PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,0798
ポリマ－157,9374
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-71.2 kcal/mol
Surface area50180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.410, 95.090, 92.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2891, 0.006681, 0.9573), (0.003545, -1, 0.005909), (0.9573, 0.001685, -0.2891)
ベクター: -6.997, 13.12, 9.55)

-
要素

#1: タンパク質 PYRIDINE NUCLEOTIDE-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE


分子量: 39484.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CELLVIBRIO SP. BR (バクテリア)
解説: TARGET INDENTIFIED USING BLAST SEARCH (SYNTHETIC GENE)
プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3IEE4, EC: 1.14.13.8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE AND 1% (W/V)PROPAN-2-OL PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→22.44 Å / Num. obs: 31344 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A9W

4a9w


解像度: 2.39→22.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.485 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28662 1578 5 %RANDOM
Rwork0.24573 ---
obs0.24783 29763 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.97 Å2-0 Å21.31 Å2
2---2.86 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→22.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5048 0 106 41 5195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.9587298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943310897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.125671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86222.664214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02315690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5141539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6713.7912696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.673.7892695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9785.6793363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7463.8872612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.451 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 116 -
Rwork0.302 2185 -
obs--98.38 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る