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- PDB-4umo: Crystal Structure of the Kv7.1 proximal C-terminal Domain in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umo
タイトルCrystal Structure of the Kv7.1 proximal C-terminal Domain in Complex with Calmodulin
要素
  • CALMODULIN
  • POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY KQT MEMBER 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / LONG QT SYNDROME
機能・相同性
機能・相同性情報


gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / iodide transport / regulation of gastric acid secretion / stomach development ...gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / iodide transport / regulation of gastric acid secretion / stomach development / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Phase 2 - plateau phase / intracellular chloride ion homeostasis / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / renal sodium ion absorption / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / potassium ion export across plasma membrane / atrial cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of membrane repolarization / protein phosphatase 1 binding / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / delayed rectifier potassium channel activity / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium ion homeostasis / non-motile cilium assembly / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac muscle cell contraction / outward rectifier potassium channel activity / CaM pathway / intestinal absorption / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / inner ear morphogenesis / positive regulation of DNA binding / PKA activation / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / response to corticosterone / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / adrenergic receptor signaling pathway / autophagosome membrane docking / regulation of synaptic vesicle exocytosis / cochlea development / presynaptic endocytosis / renal absorption / regulation of heart contraction / regulation of cardiac muscle cell action potential / ciliary base / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / protein kinase A regulatory subunit binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / protein kinase A catalytic subunit binding / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / social behavior / potassium ion import across plasma membrane / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / calcineurin-mediated signaling / inner ear development / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of synaptic vesicle endocytosis / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of protein autophosphorylation / Uptake and function of anthrax toxins / action potential / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / protein phosphatase activator activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1910 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ1 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ, C-terminal / KCNQ voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / Helix non-globular / EF-hand domain pair ...Helix Hairpins - #1910 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ1 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ, C-terminal / KCNQ voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / Helix non-globular / EF-hand domain pair / Special / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / Calmodulin-1 / Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1 / Calmodulin-3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sachyani, D. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of a Kv7.1 Potassium Channel Gating Module: Studies of the Intracellular C-Terminal Domain in Complex with Calmodulin
著者: Sachyani, D. / Dvir, M. / Strulovich, R. / Tria, G. / Tobelaim, W. / Peretz, A. / Pongs, O. / Svergun, D. / Attali, B. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY KQT MEMBER 1
B: POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY KQT MEMBER 1
C: CALMODULIN
D: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,95613
ポリマ－60,5814
非ポリマー3759
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-137.8 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.760, 151.760, 56.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY KQT MEMBER 1 / KV7.1 CHANNEL / IKS PRODUCING SLOW VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT ALPHA KVLQT1 / KQT-LIKE ...KV7.1 CHANNEL / IKS PRODUCING SLOW VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT ALPHA KVLQT1 / KQT-LIKE 1 / VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT KV7.1


分子量: 13438.191 Da / 分子数: 2
断片: PROXIMAL C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 352-396,502-539
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51787
#2: タンパク質 CALMODULIN / CAM


分子量: 16852.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62158, UniProt: P0DP23*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K
詳細: 0.3 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH=5.6, 1 MM EGTA AT 4 DEGREES CELSIUS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.974
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15107 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3→49.675 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 757 5 %
Rwork0.2133 --
obs0.215 15006 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 11 1 3518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8944813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9421282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.23180.32351590.2822795X-RAY DIFFRACTION100
3.2318-3.5570.2651460.24222836X-RAY DIFFRACTION100
3.557-4.07150.23711510.21332821X-RAY DIFFRACTION100
4.0715-5.12880.23021470.19092868X-RAY DIFFRACTION100
5.1288-49.68190.23771540.20452929X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.11550.32980.80610.00210.08945.95380.25110.30050.08460.37920.003-0.0101-0.46020.1619-0.16670.71640.0699-0.12610.2983-0.13740.479852.3230.873831.0243
27.5081-5.14196.19089.3658-5.66138.5934-0.3487-0.59970.362-0.55390.6935-0.26450.1514-0.4046-0.20430.45680.20660.08830.7772-0.05420.298422.922746.75156.9513
34.4254-2.55474.61081.908-1.77673.7659-0.20940.43920.33240.0996-0.05240.405-0.3550.4070.38950.3327-0.0503-0.00040.56640.11480.73473.973867.4757-2.749
47.1954-5.35.42695.8756-5.77448.84180.48460.0147-0.18410.4646-0.0977-0.0420.1742-0.16930.04150.57370.2698-0.04990.4975-0.1320.24638.588735.752731.0347
58.6485-3.2674-4.61946.96691.68172.4433-0.3304-1.30790.2112-0.77270.4633-0.8261.11121.4671-0.18350.79740.0842-0.00430.8766-0.16260.429231.340537.00210.2373
65.8603-3.0065-4.93473.13411.23695.2128-0.21320.2205-0.23370.1416-1.50221.27532.5553-1.25641.60911.185-0.277-0.25520.89390.05980.805818.004930.55131.1249
73.3181-1.74282.25985.7880.53267.1768-0.018-1.63020.09321.3374-0.05481.41090.786-1.53040.03850.4626-0.03010.15670.78730.06350.548813.929439.0711.0781
86.5609-2.1021-5.18396.66311.73375.51230.62470.46381.1269-0.7543-0.01480.4623-0.1244-1.2079-0.39030.35510.0746-0.16640.8118-0.12810.437711.524644.3941.5408
96.25530.04816.55352.0402-1.11018.6550.28522.8385-0.9505-3.12260.46591.22271.8182-1.5543-0.76120.97490.0116-0.30971.12950.07150.764714.948638.4179-6.9899
106.2741.1167-2.67514.7223.1876.56250.01690.91080.5505-1.67220.46510.4928-1.1335-0.6412-0.43850.64610.30760.12920.8829-0.06110.364825.672144.9976-3.7199
113.2198-3.003-3.42814.42214.91196.31250.9383-0.38710.5519-0.8588-0.4788-0.1571-1.13920.9457-0.40140.7676-0.1230.16530.7603-0.00710.76223.213464.97560.5173
123.44390.26782.18883.6816-2.13523.03680.24490.33231.0379-0.5737-0.5236-1.122-3.19172.7333-0.10191.4536-0.41710.54311.15740.09351.246618.524473.77978.6581
135.11430.9914-4.18260.6202-1.99236.64690.4454-1.19231.50040.7341-0.12931.2324-1.76371.7802-0.2690.5618-0.0923-0.00880.5288-0.15730.931919.297466.633217.0742
148.2673-4.04983.39365.2309-5.35418.5167-1.3105-1.15470.98560.3360.6105-0.51381.1598-1.3466-0.74230.4612-0.0348-0.08140.8781-0.10130.584716.004955.980316.0268
152.00099.5989-5.32439.8382-3.95224.59571.3365-2.9038-0.95433.0145-2.0508-2.06610.04171.37990.37920.6582-0.0501-0.27261.1981-0.28890.909727.104359.613520.005
160.18320.9375-1.30514.7835-6.65179.2483-0.4771-0.48060.52961.2646-0.6109-2.1916-1.22572.65950.49420.777-0.0919-0.17731.4757-0.41121.918430.958572.796318.3598
172.7834-4.02631.77498.1738-0.02343.88460.90260.63142.8659-0.21250.1277-1.7512-1.73341.3122-0.86040.1012-0.20280.30310.8259-0.17141.466329.581266.19157.9427
188.9082-1.6733-2.64927.51613.11532.3188-0.1761-0.50030.7905-0.11220.4244-0.3432-0.6170.1577-0.08080.92460.30260.09111.0048-0.04410.480729.127737.586140.0013
197.0836-2.7492-0.97925.81740.62468.4576-0.3056-0.6402-0.72140.6180.5855-0.27560.882-0.2363-0.32210.82210.18570.02630.39210.03810.398736.125.601239.7335
204.204-5.21980.65616.85760.34143.03730.4447-1.6566-0.21970.10230.5498-1.271-1.2131.846-1.28191.1118-0.2076-0.36980.9213-0.36821.482661.936435.702537.2504
214.26585.0435-1.52196.98410.73247.23850.03311.17281.0695-1.06910.0081-1.3961-0.41980.0217-0.2630.49060.07210.15170.37570.09211.009455.98134.710922.9225
223.39550.9320.25851.48810.13021.1848-0.62480.3921.247-0.93430.7384-0.7606-0.93180.50250.3490.4582-0.60220.03150.1161-0.46121.942460.371943.757729.9485
精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 356 THROUGH 395 )
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10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 65 THROUGH 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 78 THROUGH 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 91 THROUGH 98 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 99 THROUGH 111 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 112 THROUGH 117 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 118 THROUGH 128 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 129 THROUGH 134 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 135 THROUGH 147 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 5 THROUGH 19 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 20 THROUGH 78 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 79 THROUGH 98 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 99 THROUGH 128 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 129 THROUGH 147 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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