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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4um4 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH SULFATE | ||||||
![]() | INORGANIC PYROPHOSPHATASE![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() inorganic triphosphate phosphatase activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campos-Acevedo, A.A. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: First attempts to crystallize a non-homogeneous sample of thioredoxin from Litopenaeus vannamei: What to do when you have diffraction data of a protein that is not the target? 著者: Campos-Acevedo, A.A. / Diaz-Vilchis, A. / Sotelo-Mundo, R.R. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mjwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 19728.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.28 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 4.6 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 2.0M AMMONIUM SULFATE,5 MM DTT, pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日 詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING. |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.65→19.1 Å / Num. obs: 27508 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 45.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.65 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MJW 解像度: 2.65→19.099 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.099 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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