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万見
- PDB-4uh5: Structure of human nNOS R354A G357D mutant heme domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uh5
タイトルStructure of human nNOS R354A G357D mutant heme domain in complex with N1-(5-(2-(6-Amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)pyridin-3-yl)-N1,N2- dimethylethane-1,2-diamine
要素NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / synaptic signaling by nitric oxide ...positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / cadmium ion binding / negative regulation of calcium ion transport / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / regulation of postsynaptic membrane potential / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / negative regulation of serotonin uptake / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of neurogenesis / nitric-oxide synthase activity / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / L-arginine catabolic process / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / negative regulation of blood pressure / Ion homeostasis / response to hormone / photoreceptor inner segment / nitric oxide biosynthetic process / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / calyx of Held / cell redox homeostasis / sarcoplasmic reticulum / cell periphery / calcium channel regulator activity / establishment of localization in cell / sarcolemma / caveola / potassium ion transport / cellular response to growth factor stimulus / vasodilation / Z disc / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to heat / scaffold protein binding / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / cytoskeleton / response to hypoxia / postsynaptic density / membrane raft / heme binding / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / PDZ domain / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EXI / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.983 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: 2-Aminopyridines with a Truncated Side Chain to Improve Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitory Potency and Selectivity.
著者: Kang, S. / Li, H. / Tang, W. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE
B: NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,02011
ポリマ－97,5692
非ポリマー2,4519
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-112.7 kcal/mol
Surface area33820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.420, 122.570, 164.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE


分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 変異: YES [R354A G357D] / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29475

-
非ポリマー , 6種, 306分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EXI / N1-(5-(2-(6-Amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)pyridin-3-yl)-N1,N2-dimethylethane-1,2-diamine / N-(5-(2-(4-メチル-6-アミノ-2-ピリジル)エチル)-3-ピリジル)-N,N′-ジメチルエタン-1,2-ジ(以下略)


分子量: 299.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N5
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: RMERGE 1.710 RPIM 1.555 CC ONE HALF 0.335
結晶化pH: 6.2
詳細: 8-9% PED3350 40MM CITRIC ACID 60MM BISTRISPROPANE 10% GLYCEROL 5MM TCEP, pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.127
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 71749 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.983→39.835 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.53 / 位相誤差: 31.63 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 344 TO 348 IN CHAIN A AND 344 TO 353 IN CHAIN B ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 6722 4.9 %
Rwork0.195 --
obs0.1975 71655 96.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.983→39.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 167 297 7184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1519693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3862597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.983-2.00550.39062470.40844014X-RAY DIFFRACTION90
2.0055-2.02910.43681970.39844099X-RAY DIFFRACTION91
2.0291-2.05390.40572040.38464096X-RAY DIFFRACTION91
2.0539-2.07990.43292040.37524133X-RAY DIFFRACTION92
2.0799-2.10720.3982250.36814145X-RAY DIFFRACTION93
2.1072-2.13610.39282580.35074207X-RAY DIFFRACTION95
2.1361-2.16660.40051750.33164315X-RAY DIFFRACTION96
2.1666-2.1990.34322270.31684323X-RAY DIFFRACTION96
2.199-2.23330.36342190.30074380X-RAY DIFFRACTION97
2.2333-2.26990.35132010.30394433X-RAY DIFFRACTION97
2.2699-2.30910.31472220.2834228X-RAY DIFFRACTION96
2.3091-2.3510.32612260.25624392X-RAY DIFFRACTION98
2.351-2.39630.3082550.25014397X-RAY DIFFRACTION98
2.3963-2.44520.30072350.25664340X-RAY DIFFRACTION98
2.4452-2.49830.3152670.24554426X-RAY DIFFRACTION98
2.4983-2.55640.2722200.22314360X-RAY DIFFRACTION98
2.5564-2.62030.28012250.22194412X-RAY DIFFRACTION98
2.6203-2.69120.30822730.22744331X-RAY DIFFRACTION98
2.6912-2.77040.25731790.21934524X-RAY DIFFRACTION98
2.7704-2.85970.26382150.19994380X-RAY DIFFRACTION98
2.8597-2.96190.28322220.19844416X-RAY DIFFRACTION99
2.9619-3.08050.24732300.1954443X-RAY DIFFRACTION99
3.0805-3.22060.24262220.20244414X-RAY DIFFRACTION99
3.2206-3.39030.26332110.18474441X-RAY DIFFRACTION99
3.3903-3.60260.21372380.15994444X-RAY DIFFRACTION99
3.6026-3.88060.19192420.14914413X-RAY DIFFRACTION99
3.8806-4.27070.20712430.13384479X-RAY DIFFRACTION99
4.2707-4.88770.16222230.12794476X-RAY DIFFRACTION99
4.8877-6.15430.20932170.15254463X-RAY DIFFRACTION99
6.1543-39.84350.18232000.15164472X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0372-0.3178-0.20551.30280.26293.68850.0007-0.03810.0126-0.0647-0.0811-0.04640.21010.180.06910.1988-0.02630.02870.28790.04450.2647117.7416250.1745358.5381
20.9317-0.169-0.41951.12160.34915.32640.03960.1834-0.04-0.1255-0.1090.11670.056-0.35220.04580.28670.01350.00730.3734-0.03660.2873116.33248.8934321.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 302:721)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 304:721)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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