PDB-4uet: Diversity in the structures and ligand binding sites among the fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uet

タイトル

Diversity in the structures and ligand binding sites among the fatty acid and retinol binding proteins of nematodes revealed by Na-FAR-1 from Necator americanus

要素

NEMATODE FATTY ACID RETINOID BINDING PROTEIN

キーワード

RETINOL-BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING / RETINOL BINDING / ALL-ALPHA

機能・相同性

Nematode fatty acid retinoid binding / Nematode fatty acid retinoid binding protein (Gp-FAR-1) / lipid binding / Fatty-acid and retinol-binding protein 1

機能・相同性情報

生物種

NECATOR AMERICANUS (あめりかこうちゅう)

手法

溶液NMR

データ登録者

Rey-Burusco, M.F. / Ibanez Shimabukuro, M. / Griffiths, K. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O. / Griffiths, K.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Diversity in the Structures and Ligand Binding Sites of Nematode Fatty Acid and Retinol Binding Proteins Revealed by Na-Far-1 from Necator Americanus.
著者: Rey Burusco, M.F. / Ibanez Shimabukuro, M. / Gabrielsen, M. / Franchini, G.R. / Roe, A.J. / Griffiths, K. / Zhan, B. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uet.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uet.ent.gz	941.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uet_validation.pdf.gz	407.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uet_full_validation.pdf.gz	549.2 KB	表示
XML形式データ	4uet_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	4uet_validation.cif.gz	87.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xcpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z1s-d 5cs8-d 1wib-d 2jqa-d 2r1b-1 5l0y-3 2lai-d 2r1b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18637

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NEMATODE FATTY ACID RETINOID BINDING PROTEIN

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	BEST RESTRAINT ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質	NEMATODE FATTY ACID RETINOID BINDING PROTEIN / NA-FAR-1 分子量: 18803.533 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-175 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NECATOR AMERICANUS (あめりかこうちゅう) プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W2SRJ3
配列の詳細	INCLUDES N-TERMINAL NON-CLEAVABLE HIS-TAG AND CLONING ARTEFACT.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	C HSQC3
1	2	1	C NOESY
1	3	1	CBCACONH3
1	4	1	CBHD
1	5	1	CBHE
1	6	1	COSY
1	7	1	HCCHTOCSY3 1
1	8	1	HNCACB3
1	9	1	HNCACO3
1	10	1	HNCO3
1	11	1	HSQC3 5
1	12	1	HCCCONH3
1	13	1	N NOESY
1	14	1	(H)CCH TOCSY3
1	15	1	HCCCONH3
1	16	1	P A CAHA D
1	17	1	P A CAHA U
1	18	1	P A NH D
1	19	1	P A NH U

NMR実験の詳細

Text: INPUT

-
試料調製

詳細	内容: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 0.07 / pH: 7.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 311.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA 2.3/CNS	2.1	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
ARIA	2.3.1		構造決定
CcpNmr Analysis	2.1		構造決定
CcpNmr Analysis	2.1		構造決定
DANGLE	1.1		構造決定
CcpNmr Analysis	2.4		構造決定
CcpNmr Analysis	2		構造決定

精密化

ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: BEST RESTRAINT ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)