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- PDB-4udb: MR in complex with desisobutyrylciclesonide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udb
タイトルMR in complex with desisobutyrylciclesonide
要素
  • MINERALOCORTICOID RECEPTOR
  • NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / LIGAND COMPLEX / PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrous cycle / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / progesterone receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / steroid binding / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / receptor complex / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DESISOBUYTYRYL CICLESONIDE / Mineralocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Edman, K. / Hogner, A. / Hussein, A. / Aagaard, A. / Backstrom, S. / Bodin, C. / Wissler, L. / JellesmarkJensen, T. / Cavallin, A. / Nilsson, E. ...Edman, K. / Hogner, A. / Hussein, A. / Aagaard, A. / Backstrom, S. / Bodin, C. / Wissler, L. / JellesmarkJensen, T. / Cavallin, A. / Nilsson, E. / Lepisto, M. / Guallar, V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Ligand Binding Mechanism in Steroid Receptors: From Conserved Plasticity to Differential Evolutionary Constraints.
著者: Edman, K. / Hosseini, A. / Bjursell, M.K. / Aagaard, A. / Wissler, L. / Gunnarsson, A. / Kaminski, T. / Kohler, C. / Backstrom, S. / Jensen, T.J. / Cavallin, A. / Karlsson, U. / Nilsson, E. / ...著者: Edman, K. / Hosseini, A. / Bjursell, M.K. / Aagaard, A. / Wissler, L. / Gunnarsson, A. / Kaminski, T. / Kohler, C. / Backstrom, S. / Jensen, T.J. / Cavallin, A. / Karlsson, U. / Nilsson, E. / Lecina, D. / Takahashi, R. / Grebner, C. / Geschwindner, S. / Lepisto, M. / Hogner, A.C. / Guallar, V.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINERALOCORTICOID RECEPTOR
B: NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2026
ポリマ－33,4652
非ポリマー7374
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.919, 75.919, 116.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MINERALOCORTICOID RECEPTOR / MR / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 3 GROUP C MEMBER 2


分子量: 31739.393 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 735-984 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08235
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1 / NCOA-1 / CLASS E BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 74 / BHLHE74 / PROTEIN HIN-2 / RIP160 / RENAL ...NCOA-1 / CLASS E BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 74 / BHLHE74 / PROTEIN HIN-2 / RIP160 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-52 / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1 / SRC-1 / NCOA1 PEPTIDE


分子量: 1725.958 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1427-1441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase

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非ポリマー , 5種, 64分子

#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CV7 / DESISOBUYTYRYL CICLESONIDE / デスイソブチリルシクレソニド


分子量: 470.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 18% PEG4K, 0.14M LISO4, 85MM TRIS PH 8.5, 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 14723 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 52.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AA2

2aa2


解像度: 2.36→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9494 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9399 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 739 5.04 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1837 14672 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4451 Å20 Å20 Å2
2--0.4451 Å20 Å2
3----0.8902 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.244 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2103 0 49 60 2212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043007HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d776SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes304HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2218HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion283SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2609SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.55 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 146 4.96 %
Rwork0.2017 2800 -
all0.2038 2946 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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