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- PDB-4ubi: KINETIC CRYSTALLOGRAPHY OF ALPHA_E7-CARBOXYLESTERSE FROM LUCILLA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubi
タイトルKINETIC CRYSTALLOGRAPHY OF ALPHA_E7-CARBOXYLESTERSE FROM LUCILLA CUPRINA - ABSORBED X-RAY DOSE 3.70 MGy at 100K
要素E3
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD / CARBOXYLESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYL HYDROGEN PHOSPHATE / Carboxylic ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Weik, M. / Huber, T. / Meirelles, T. / Correy, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Mapping the Accessible Conformational Landscape of an Insect Carboxylesterase Using Conformational Ensemble Analysis and Kinetic Crystallography
著者: Correy, G.J. / Carr, P.D. / Meirelles, T. / Mabbitt, P.D. / Fraser, N.J. / Weik, M. / Jackson, C.J.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6272
ポリマ－65,4731
非ポリマー1541
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.533, 101.044, 222.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-739-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3


分子量: 65472.773 Da / 分子数: 1 / 変異: M364L, I419F, A472T, I505T, K530E, D554G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)
遺伝子: LcaE7 / プラスミド: PETMCSIII / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q25252
#2: 化合物 ChemComp-DPF / DIETHYL HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 154.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 100MM PEG2000, 0.1M MES, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→45.99 Å / Num. obs: 26772 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 37.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.31 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rejects: 0 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1639)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QWM

4qwm


解像度: 2.24→45.99 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1352 5.06 %
Rwork0.175 25385 -
obs0.178 26737 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.83 Å2 / Biso mean: 43.1293 Å2 / Biso min: 23.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4559 0 8 208 4775
Biso mean--40.69 43.69 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0236341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2681759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.24-2.32010.31121200.22262494261499
2.3201-2.4130.3071270.229425132640100
2.413-2.52280.32371350.218724922627100
2.5228-2.65580.29741190.210225342653100
2.6558-2.82210.25691530.205524982651100
2.8221-3.040.26331310.200925482679100
3.04-3.34580.28071420.183425122654100
3.3458-3.82980.21161200.163925512671100
3.8298-4.82430.18421480.14272575272399
4.8243-46.00270.19651570.15592668282599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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