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万見
- PDB-4ua1: Crystal structure of dual function transcriptional regulator MerR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ua1
タイトルCrystal structure of dual function transcriptional regulator MerR form Bacillus megaterium MB1 in complex with mercury (II) ion
要素Regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Metalloregulatory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mercury ion binding / response to mercury ion / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Hg(II)-responsive transcriptional regulator / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mercuric resistance operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Chang, C.C. / Lin, L.Y. / Zou, X.W. / Huang, C.C. / Chan, N.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of the mercury(II)-mediated conformational switching of the dual-function transcriptional regulator MerR
著者: Chang, C.C. / Lin, L.Y. / Zou, X.W. / Huang, C.C. / Chan, N.L.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3994
ポリマ－31,9972
非ポリマー4012
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.005, 70.556, 71.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein


分子量: 15998.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: MB1 / 遺伝子: merR / プラスミド: pET-21b / 詳細 (発現宿主): 21b-MerR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q799U3
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: di-Ammonium hydrogen citrate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9922, 0.9792, 0.9610
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月5日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator(crystal type Si(111))
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.99221
20.97921
30.9611
反射解像度: 2.56→25.13 Å / Num. obs: 11808 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Net I/σ(I): 19.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
PHENIXモデル構築
精密化解像度: 2.56→25.13 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 1166 9.98 %
Rwork0.2255 --
obs0.2316 11681 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→25.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1943 0 2 38 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6722616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.66763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5672-2.68390.34971340.22791246X-RAY DIFFRACTION96
2.6839-2.82520.31171570.23731257X-RAY DIFFRACTION97
2.8252-3.00190.28081360.23581278X-RAY DIFFRACTION98
3.0019-3.23330.30241520.22841302X-RAY DIFFRACTION99
3.2333-3.55790.25111440.22361315X-RAY DIFFRACTION100
3.5579-4.07080.25191460.21431323X-RAY DIFFRACTION100
4.0708-5.12160.31581510.21161352X-RAY DIFFRACTION100
5.1216-25.13140.28121460.23961442X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93651.147-0.03790.89120.7292.65090.44390.09870.0344-0.06460.0868-0.6909-0.61760.1984-0.19650.4044-0.01140.17990.32180.17720.991856.109531.9169-21.1715
23.66060.3913-0.66282.79811.68393.25970.27560.31760.192-0.0901-0.2905-0.04710.07890.11820.00730.264-0.0048-0.07370.27370.13880.258552.888717.5607-19.3241
30.5159-0.281-0.13660.67330.23485.2151-0.1606-0.2329-0.19420.0213-0.28520.03560.24870.35210.30270.2055-0.1208-0.06510.27470.09540.306346.52087.3177.2682
41.7882-0.29831.41410.5209-0.23811.3235-0.07680.10330.2063-0.05250.31270.0376-0.0664-0.073-0.10550.1691-0.0610.00440.43290.05120.877365.74121.778520.1736
54.74550.1751-1.77321.3006-0.00320.664-0.2018-0.1462-0.09410.42350.2542-0.40690.16150.1689-0.05220.2765-0.074-0.13240.3030.01330.285355.228919.014821.2928
60.8621-0.26721.38790.34290.63646.4388-0.08680.0429-0.061-0.0984-0.31690.0654-0.1555-0.53710.24120.2427-0.0737-0.07540.26370.07460.29741.334512.5553-5.9225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 131 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 35 through 77 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 78 through 131 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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