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- PDB-4u9p: Structure of the methanofuran/methanopterin biosynthetic enzyme M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9p
タイトルStructure of the methanofuran/methanopterin biosynthetic enzyme MJ1099 from Methanocaldococcus jannaschii
要素UPF0264 protein MJ1099
キーワードUNKNOWN FUNCTION / methanopterin / methanofuran
機能・相同性(5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase, archaea / 4-HFC-P synthase / methanofuran biosynthetic process / carbon-carbon lyase activity / Ribulose-phosphate binding barrel / (5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate synthase
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bobik, T.A. / Morales, E. / Shin, A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Arbing, M. / Rasche, M.E.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1020200 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5P41RR015301-10 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)8 P41 GM103403-10 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of the methanofuran/methanopterin-biosynthetic enzyme MJ1099 from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Bobik, T.A. / Morales, E.J. / Shin, A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Arbing, M. / Yeates, T.O. / Rasche, M.E.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.country ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0264 protein MJ1099
B: UPF0264 protein MJ1099
C: UPF0264 protein MJ1099
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3694
ポリマ－78,2773
非ポリマー921
水2,198122
1
A: UPF0264 protein MJ1099
B: UPF0264 protein MJ1099
C: UPF0264 protein MJ1099
ヘテロ分子

A: UPF0264 protein MJ1099
B: UPF0264 protein MJ1099
C: UPF0264 protein MJ1099
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7388
ポリマ－156,5546
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area11520 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area47240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.760, 152.600, 153.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 UPF0264 protein MJ1099


分子量: 26092.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q58499
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.25 M sodium citrate pH 4.0 and 26% 2-methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0393 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→76.3 Å / Num. obs: 83236 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.08 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 9.48 / Num. measured all: 533070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.740.7560.5522.033437312048108200.6689.8
1.74-1.790.8380.442.613843111694115940.52599.1
1.79-1.840.8870.3413.293765911462113280.40798.8
1.84-1.90.9220.2674.143611311062109630.31999.1
1.9-1.960.9360.2244.963354810729105960.26998.8
1.96-2.030.9510.1786.143206010443102950.21598.6
2.03-2.10.9670.1457.934672995299040.17299.5
2.1-2.190.9720.1259.1333245963595580.14999.2
2.19-2.290.9760.11110.1931526924591460.13298.9
2.29-2.40.9790.09711.4629468883487110.11698.6
2.4-2.530.9830.08512.3225696841682340.10397.8
2.53-2.680.9840.08313.6927365800979110.09998.8
2.68-2.870.9840.07615.3726057743073660.0999.1
2.87-3.10.9860.07216.3323880695068910.08599.2
3.1-3.390.9870.06816.9221105638463160.08198.9
3.39-3.790.9880.06216.8417429580456790.07497.8
3.79-4.380.9890.06118.6218083509950670.07199.4
4.38-5.360.9910.05818.6514965431042640.06898.9
5.36-7.580.990.05817.5910494332532620.06998.1
7.58-76.30.990.05819.536901183518270.06899.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→76.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8793 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 4145 4.98 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2027 83236 99.63 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.02 Å2 / Biso mean: 31.99 Å2 / Biso min: 16.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7004 Å20 Å20 Å2
2--10.4314 Å20 Å2
3----16.1318 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→76.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5122 0 6 122 5250
Biso mean--45.26 29.19 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1879SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes755HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5227HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion712SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6375SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5227HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7071HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.07
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 307 5.06 %
Rwork0.2461 5763 -
all0.2457 6070 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91690.4111-0.04170.7703-0.00910.8021-0.0913-0.22750.19740.1040.0303-0.0096-0.08140.10290.0610.00650.0785-0.07640.0656-0.0596-0.13991.646141.4569-19.2559
21.8833-0.2492-0.19931.3606-0.03760.4018-0.0341-0.1278-0.2453-0.0539-0.00140.23440.0096-0.15050.0355-0.01920.0623-0.00690.0631-0.0044-0.1593-24.099218.5748-18.3578
30.2654-0.3245-0.24610.97310.19840.7888-0.0468-0.1294-0.02520.21150.1633-0.17640.06040.0557-0.1166-0.06870.0459-0.0418-0.05560.00620.07482.2025-8.8031-21.152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C0 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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