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- PDB-4u9l: Structure of a membrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9l
タイトルStructure of a membrane protein
要素Magnesium transporter MgtE
キーワードMETAL TRANSPORT / channel / magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Tetracycline Repressor; domain 2 / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Magnesium transporter MgtE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Takeda, H. / Hattori, M. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Shah, S.T.A. / Caffrey, M. / Maturana, A.D. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for ion selectivity revealed by high-resolution crystal structure of Mg(2+) channel MgtE
著者: Takeda, H. / Hattori, M. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Shah, S.T. / Caffrey, M. / Maturana, A.D. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transporter MgtE
B: Magnesium transporter MgtE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4498
ポリマ－38,6422
非ポリマー1,8076
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.529, 70.165, 102.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Magnesium transporter MgtE


分子量: 19321.074 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 271-449 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: TTHA1060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SMG8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: PEG600, Tris, Mg-formate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21294 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 9.62

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.3_1479) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→41.424 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 999 5.01 %
Rwork0.2244 --
obs0.2264 19947 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 67 39 2766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7343781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.64966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.42130.37141440.33072722X-RAY DIFFRACTION99
2.4213-2.57290.34131430.29992730X-RAY DIFFRACTION99
2.5729-2.77160.32171440.27482731X-RAY DIFFRACTION99
2.7716-3.05040.30151440.23482751X-RAY DIFFRACTION99
3.0504-3.49160.24591450.21932733X-RAY DIFFRACTION98
3.4916-4.39830.21491430.20072727X-RAY DIFFRACTION97
4.3983-41.43020.24891360.19332554X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22410.8106-0.15742.08250.09641.5931-0.0096-0.2740.0986-0.09150.0756-0.08570.19030.62070.02210.40050.01860.01750.36060.03830.348634.66396.7622-2.3305
20.70880.60660.24420.87630.26351.23540.05490.0127-0.0097-0.05690.06270.15660.0636-0.30390.00020.23880.01530.0190.33560.00020.298313.04861.8048-3.2305
31.70040.65870.71381.3719-0.29380.56690.1287-0.02010.2865-0.00530.15370.0962-0.4898-0.19870.00240.42870.00490.04920.29090.04870.300120.3337.29741.1258
40.1064-0.0309-0.03740.00920.00970.0121-0.3812-0.22440.7476-0.37360.70020.2737-0.4387-0.73120.00190.6639-0.1968-0.14260.68950.13150.56475.15740.3436-20.0502
51.08720.36420.25721.0415-0.37251.1520.3185-0.1145-0.4645-0.00750.0532-0.18970.842-0.22980.02940.368-0.05050.0110.3802-0.01440.312518.4191-8.25942.4469
61.14-0.5395-0.2081.2211-0.34060.23070.60230.20730.2114-0.33530.1117-0.3151-0.6930.06010.01610.40450.02620.00770.3138-0.01490.326433.2566-1.2241-6.6644
71.6783-0.4433-0.461.2639-0.6160.80630.2313-0.1038-0.25060.0718-0.166-0.22720.1650.11560.00010.2862-0.0102-0.0150.28260.02560.289737.438-4.1186-2.3583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 271 through 312 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 313 through 414 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 415 through 449 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 271 through 277 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 278 through 312 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 313 through 348 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 349 through 448 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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