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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u9e | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb562 variant, A104/57G AB3 | |||||||||
![]() | Soluble cytochrome b562 | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / designed enzyme / Zn-coordinating protein / tetramer assembly | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tezcan, F.A. / Song, W.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A designed supramolecular protein assembly with in vivo enzymatic activity 著者: Song, W.J. / Tezcan, A.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 801.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称)) | |||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11705.097 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-128 変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, E57G, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, A89H, T96C, R98C, A100H, Y101C, K104A, 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27% (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol 400 in 100 mM Bis-Tris (pH 6.5) with 0.2M CaCl2 and 20 mM ampicillin |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→35.66 Å / Num. obs: 4159 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→8.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Mean I/σ(I) obs: 22.2 / Rsym value: 0.168 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2BC5 解像度: 2.8→35.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 18.305 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.866 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.66 Å
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拘束条件 |
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