PDB-4u99: Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u99

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from S. oneidensis in the Fe(II) ligation state, Q154A/Q155A/K156A mutant

要素

NO-binding heme-dependent sensor protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / H-NOX / hemoprotein / gas sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Herzik Jr., M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the role of iron-histidine bond cleavage in nitric oxide-induced activation of H-NOX gas sensor proteins.
著者: Herzik, M.A. / Jonnalagadda, R. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u99.cif.gz	238.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u99.ent.gz	198.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u99_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u99_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4u99_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	4u99_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u9bC 4u9gC 4u9jC 4u9kC 3tf8S 2kii 2kil C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u9g-1 4u9j-1 4u9k-2 4u9k-1 4u9j-2 4u9g-2 6bdd-d 4c25-d 6mx5-d 5vp9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NO-binding heme-dependent sensor protein

B: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NO-binding heme-dependent sensor protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.003, 164.003, 101.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-313- HOH

#1: タンパク質	NO-binding heme-dependent sensor protein 分子量: 21157.244 Da / 分子数: 2 / 変異: Q154A, Q155A, K156A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_2144 / プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523(DE3) / 参照: UniProt: Q8EF49
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% ...詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% glycerol was added directly to the drop and crystals were serial transferred into mother liquor solution containing 5, 7.5 and 10% glycerol prior to flash freezing in liquid nitrogen. Crystal growth and manipulation was performed anaerobically.

結晶

マシュー密度: 4.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.97 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Obtained by equilibrating a 2 uL drop of 1:1 protein:reservoir against a 700 uL reservoir containing 1.6-1.9 M DL-malic acid (pH 7.3). For cryoprotection, 2 uL of mother liquor containing 10% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.882 Å / Num. obs: 102223 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 0.208
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TF8

3tf8

解像度: 2→47.88 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	5169	5.06 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	102223	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2951	0	89	212	3252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3157
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	4290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.174	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0228	0.3831	162	0.3795	3055	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0228-2.0466	0.3947	144	0.3311	3251	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0466-2.0716	0.3468	180	0.3197	3246	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0716-2.0978	0.2995	199	0.3047	3218	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0978-2.1254	0.28	202	0.2732	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1254-2.1545	0.2828	168	0.2628	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.1853	0.2806	185	0.245	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1853-2.2179	0.2921	156	0.2501	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2179-2.2525	0.2525	129	0.241	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2895	0.2569	172	0.2378	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2895-2.329	0.2277	195	0.2161	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.329-2.3713	0.2225	171	0.2092	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4169	0.2245	170	0.202	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.4662	0.2081	189	0.2032	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5199	0.2209	179	0.205	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.5785	0.211	180	0.1937	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5785-2.643	0.2019	166	0.1992	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.643-2.7144	0.2554	179	0.1988	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.7943	0.2047	173	0.2094	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7943-2.8845	0.2445	174	0.1972	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-2.9875	0.1873	186	0.1853	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9875-3.1071	0.2339	176	0.1823	3237	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1071-3.2485	0.216	174	0.1787	3218	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2485-3.4197	0.16	165	0.1682	3254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4197-3.6339	0.1701	174	0.1511	3228	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6339-3.9144	0.1707	191	0.1429	3175	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9144-4.3081	0.153	173	0.1264	3194	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3081-4.9309	0.1296	170	0.1202	3194	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9309-6.2103	0.1206	166	0.1404	3196	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2103-47.8955	0.1906	121	0.1428	3130	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7284	0.1392	-1.5281	3.501	0.9756	3.3037	0.1625	0.8057	-0.3458	-0.7945	-0.1631	0.4798	0.2593	-0.0294	-0.0243	0.6625	0.1199	-0.2537	0.5591	0.0128	0.6039	-41.4413	-99.9314	92.6785
2	5.4429	-0.2126	2.5887	1.8294	-1.305	2.0357	0.277	0.4316	-0.6959	-0.4943	-0.2519	-0.176	0.8437	0.959	0.1367	0.6387	0.2465	-0.0552	0.6331	0.0746	0.4665	-27.502	-102.5444	95.6217
3	1.8295	-0.4865	1.4148	3.3306	-0.7172	3.5788	0.0048	0.1119	0.1071	-0.1477	-0.0104	0.357	-0.0347	-0.0654	0.0157	0.2543	0.0364	-0.0631	0.3427	0.1154	0.4243	-37.5698	-89.7204	111.1524
4	1.5544	3.3022	-0.1483	9.7722	1.4899	1.1823	-0.041	0.0705	0.0241	-0.0017	0.2682	-0.0178	0.1092	0.3563	-0.2001	0.295	0.0484	-0.0736	0.5148	0.1004	0.4425	-25.7995	-90.3785	116.4357
5	7.5214	6.0009	3.3079	5.414	4.2543	5.6433	0.2091	-0.0871	0.0245	0.2706	-0.2966	0.2234	0.198	-0.1587	-0.0394	0.3296	0.033	-0.0892	0.4022	0.0975	0.4643	-40.6373	-93.7793	108.2674
6	3.5559	-0.6238	1.0383	4.3338	-1.4558	5.436	0.3006	0.392	-0.297	-0.3902	-0.2832	0.3424	0.3634	-0.0679	-0.0433	0.3663	0.0849	-0.1106	0.318	0.0099	0.4173	-21.5765	-122.1883	116.5159
7	7.9328	4.0564	-0.6039	4.9265	0.1089	4.6523	0.2355	1.4495	-0.67	-1.4539	-0.3705	-0.5465	1.2306	0.4456	0.1789	1.1658	0.4501	0.0113	0.9116	-0.0047	0.5456	-15.8312	-119.7936	94.6829
8	3.5009	-1.1529	-0.1548	4.3631	0.0855	2.4321	0.2487	0.6618	0.1662	-0.632	-0.4606	-0.809	0.3462	0.9849	0.2069	0.5359	0.2669	0.0403	0.8421	0.1963	0.5229	-11.4501	-109.0751	103.8993
9	4.7781	-1.7457	-0.2025	4.2026	1.6454	3.2719	-0.0842	-0.3263	-0.9526	-0.0936	1.2677	0.0367	0.0919	-0.6218	-1.2396	0.8457	0.1324	-0.0642	1.1718	-0.0128	0.8261	5.0227	-117.1804	97.3988
10	5.2819	-1.8019	-1.3512	4.9574	1.8512	4.0035	0.4395	0.7012	-0.1689	-1.1123	-0.242	0.3507	0.2782	0.2391	-0.2063	0.6338	0.2649	-0.0458	0.636	0.0648	0.4252	-18.8424	-116.7691	102.871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 1:49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 50:66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 67:157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 158:187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 1:79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND RESID 80:110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESID 111:175
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND RESID 176:186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND RESID 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)