PDB-4u7j: Crystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u7j

タイトル

Crystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacterium thermoresistibile

要素

Argininosuccinate synthase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Argininosuccinate synthase / Citrulline-aspartate ligase / Mycobacterium thermoresistibile / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

argininosuccinate synthase / argininosuccinate metabolic process / argininosuccinate synthase activity / urea cycle / L-arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacterium thermoresistibile
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fischer, E.S. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u7j.cif.gz	329.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u7j.ent.gz	264.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4u7j_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u7j_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	4u7j_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	4u7j_validation.cif.gz	54.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1kh1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kh2-d 1kor-d 1j1z-d 4xfj-1 1kh3-d 1j20-d 7k5z-d 1kh1-d 4nzp-1 7bfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MythA.00809.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Argininosuccinate synthase

B: Argininosuccinate synthase

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Argininosuccinate synthase

B: Argininosuccinate synthase

ヘテロ分子

A: Argininosuccinate synthase

B: Argininosuccinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.940, 144.440, 57.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Argininosuccinate synthase / Citrulline--aspartate ligase 分子量: 45177.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア) 株: ATCC 19527 / 遺伝子: argG, KEK_01915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7CBN9, argininosuccinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, D6: 20% PEG 8000, 200mM MgCl2, 100mM Tris/HCl pH 8.5; cryo 20% EG; MythA.00809.a.B1.PW37508 at 30.1mg/ml, tray 256225d6, puck zrb0-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 80159 / Num. obs: 80159 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.15 % / B_iso Wilson estimate: 18.98 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.979 / Net I/σ(I): 22.11 / Num. measured all: 493282

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8		6.17	0.858	0.528	3.39	36061	5838	5838	0.578	100
1.8-1.84			0.905	0.428	4.22	35283	5700	5699	0.468	100
1.84-1.9			0.938	0.334	5.42	34498	5578	5577	0.365	100
1.9-1.96			0.963	0.263	6.9	33306	5391	5390	0.288	100
1.96-2.02			0.975	0.209	8.61	32517	5246	5243	0.228	99.9
2.02-2.09			0.986	0.154	11.48	31323	5076	5071	0.169	99.9
2.09-2.17			0.99	0.131	13.41	30403	4902	4896	0.143	99.9
2.17-2.26			0.994	0.104	16.62	29319	4738	4736	0.114	100
2.26-2.36			0.995	0.088	19.06	28206	4537	4535	0.096	100
2.36-2.47			0.997	0.078	21.32	26934	4336	4335	0.085	100
2.47-2.61			0.998	0.063	25.29	25744	4145	4143	0.069	100
2.61-2.77			0.998	0.053	30.02	24423	3948	3946	0.058	99.9
2.77-2.96			0.999	0.045	34.17	22706	3664	3662	0.05	99.9
2.96-3.2			0.999	0.038	39.73	21440	3478	3477	0.041	100
3.2-3.5			0.999	0.031	47.33	19444	3175	3174	0.034	100
3.5-3.91			0.999	0.026	54.36	17798	2922	2922	0.029	100
3.91-4.52			0.999	0.024	58.67	15642	2577	2577	0.026	100
4.52-5.53			0.999	0.023	59.06	13215	2210	2210	0.026	100
5.53-7.83			0.999	0.025	56.41	10056	1737	1736	0.028	99.9
	7.83		0.999	0.022	60.07	4964	1022	992	0.024	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.91 Å	46.65 Å
Translation	3.91 Å	46.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
ARP		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1756)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kh1 modified with CCP4 program CHAINSAW

1kh1

解像度: 1.75→44.668 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	3972	4.96 %	Random selection
R_work	0.1455	76169	-	-
obs	0.1473	80141	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.5 Å² / B_iso mean: 23.8913 Å² / B_iso min: 9.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→44.668 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6030	0	54	745	6829
B_iso mean	-	-	34.16	31.8	-
残基数	-	-	-	-	785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	8540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	969
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.931	2275

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7713	0.2679	125	0.1963	2671	2796	100
1.7713-1.7938	0.2435	149	0.1845	2677	2826	100
1.7938-1.8174	0.1967	127	0.1817	2717	2844	100
1.8174-1.8423	0.2016	127	0.1734	2688	2815	100
1.8423-1.8686	0.1997	159	0.1644	2686	2845	100
1.8686-1.8965	0.2208	132	0.1632	2682	2814	100
1.8965-1.9261	0.2214	130	0.1637	2724	2854	100
1.9261-1.9577	0.2056	164	0.1577	2652	2816	100
1.9577-1.9915	0.2226	131	0.1531	2709	2840	100
1.9915-2.0277	0.1972	153	0.1517	2656	2809	100
2.0277-2.0667	0.183	152	0.1446	2711	2863	100
2.0667-2.1089	0.1809	147	0.1369	2660	2807	100
2.1089-2.1547	0.1812	144	0.1356	2727	2871	100
2.1547-2.2048	0.1741	149	0.1316	2678	2827	100
2.2048-2.26	0.1591	144	0.1314	2710	2854	100
2.26-2.3211	0.148	160	0.132	2681	2841	100
2.3211-2.3894	0.1759	135	0.1411	2709	2844	100
2.3894-2.4665	0.1989	139	0.1484	2722	2861	100
2.4665-2.5546	0.1679	144	0.147	2723	2867	100
2.5546-2.6569	0.1682	147	0.1351	2713	2860	100
2.6569-2.7778	0.1527	126	0.144	2753	2879	100
2.7778-2.9242	0.2105	148	0.1485	2719	2867	100
2.9242-3.1074	0.1849	145	0.1508	2720	2865	100
3.1074-3.3472	0.1822	128	0.1521	2783	2911	100
3.3472-3.6839	0.2083	127	0.1391	2771	2898	100
3.6839-4.2167	0.1673	148	0.1296	2784	2932	100
4.2167-5.3112	0.141	148	0.132	2823	2971	100
5.3112-44.6822	0.192	144	0.16	2920	3064	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7756	0.8117	-0.308	0.6216	-0.2951	1.025	0.017	0.3478	-0.0661	-0.075	0.0104	-0.2307	-0.0269	0.2507	-0.0204	0.1871	-0.0142	0.0343	0.1858	-0.0363	0.2116	77.2646	16.2433	42.9592
2	1.8452	0.2629	-0.3664	0.9523	-0.2318	0.2058	-0.0289	-0.0516	-0.0404	-0.0194	0.0113	-0.2633	-0.0392	0.0871	0.0163	0.171	-0.0156	-0.0065	0.1694	-0.0218	0.2	75.3303	12.8638	52.4961
3	0.3331	-0.0144	0.0362	0.4255	-0.0838	0.3872	-0.0255	0.0001	0.0466	-0.0037	0.0236	-0.0346	-0.0769	0.0401	-0.0004	0.1445	-0.0012	0.0001	0.1254	-0.0062	0.1256	52.9269	20.5007	55.2517
4	1.261	-0.0028	-0.2786	2.8283	-2.7507	3.0196	-0.1002	-0.0031	0.0565	0.1726	0.3365	0.3444	-0.226	-0.3948	-0.2641	0.1773	0.0095	-0.0048	0.1423	-0.0247	0.1882	23.5875	8.639	64.0783
5	4.1997	-3.3379	4.6947	3.7639	-3.6766	8.8415	0.0291	0.0492	0.0234	-0.239	-0.0746	0.4946	-0.3524	-0.7515	0.0017	0.302	0.1264	0.0559	0.3388	0.0435	0.3812	10.5723	19.8851	81.2097
6	3.3346	-0.249	-0.7582	1.0442	0.2498	1.5683	0.0341	-0.3197	0.2401	0.2129	0.045	0.4039	-0.2448	-0.2948	-0.0497	0.2603	0.0647	0.0858	0.233	0.0043	0.2703	24.0507	22.3309	86.6303
7	1.1582	-0.1585	-0.1612	1.1234	-0.0493	0.989	0.0055	0.044	0.0253	0.0845	0.0635	0.302	-0.1455	-0.2773	-0.0307	0.1889	0.0571	0.0244	0.1947	0.0264	0.1936	22.627	16.3865	75.4304
8	0.381	0.1986	0.3325	0.5186	0.2995	1.0964	-0.0233	-0.0556	0.0684	0.0162	-0.0021	0.0646	-0.0899	-0.0922	0.0154	0.156	0.0342	0.0055	0.133	-0.0055	0.1405	40.3076	28.5942	70.7579
9	0.294	-0.1024	-0.1077	0.5847	0.1157	0.2718	-0.0265	0.0036	-0.0029	0.0664	0.0512	-0.1035	0.0017	0.0569	-0.0274	0.1135	0.0071	-0.0162	0.1098	-0.0085	0.0916	57.0395	10.1128	70.6208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 78 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 186 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 354 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 355 through 398 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 26 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 78 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 79 through 181 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 182 through 274 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 275 through 398 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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