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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u3l | ||||||||||||||||||||
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タイトル | octameric RNA duplex co-crystallized in calcium(II)chloride | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / duplex / di- and trivalent metal ions | 機能・相同性 | RNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Schaffer, M.F. / Spingler, B. / Schnabl, J. / Peng, G. / Olieric, V. / Sigel, R.K.O. | ![]() ![]() タイトル: The X-ray Structures of Six Octameric RNA Duplexes in the Presence of Different Di- and Trivalent Cations. 著者: Schaffer, M.F. / Peng, G. / Spingler, B. / Schnabl, J. / Wang, M. / Olieric, V. / Sigel, R.K. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2526.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28% PEG 400, 0.2 M calcium chloride, 0.002 M spermine, 0.05 hepes sodium buffer pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.61 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.482→32.3 Å / Num. obs: 14194 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 25.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.482→1.535 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / % possible all: 99.45 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.482→32.305 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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