PDB-4u2h: The crystal structure of apo CalE6, a methionine gamma lyase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u2h

タイトル

The crystal structure of apo CalE6, a methionine gamma lyase from Micromonospora echinospora

要素

CalE6

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon-sulfur lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Song, H.G. / Xu, R.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of a Methionine gamma-Lyase in the Calicheamicin Biosynthetic Cluster of Micromonospora echinospora
著者: Song, H. / Xu, R. / Guo, Z.

履歴

登録	2014年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u2h.cif.gz	589.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u2h.ent.gz	478.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u2h_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u2h_full_validation.pdf.gz	504.8 KB	表示
XML形式データ	4u2h_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	4u2h_validation.cif.gz	99.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u1tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u1t-1 3jbf-d 4q31-2 6k1m-d 5vlr-1 3e6g-d 1gc0-d 4itg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CalE6

B: CalE6

C: CalE6

D: CalE6

E: CalE6

F: CalE6

G: CalE6

H: CalE6

ヘテロ分子

336 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CalE6

B: CalE6

C: CalE6

D: CalE6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: CalE6

F: CalE6

G: CalE6

H: CalE6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.2040, 145.3950, 346.1190
Angle α, β, γ (deg.)	90.0000, 90.0000, 90.0000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	CalE6 / METHIONINE GAMMA LYASE 分子量: 41753.219 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calE6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNG3, methionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→49.3 Å / Num. obs: 308727 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
HKL-2000	data processing
HKL-2000	データスケーリング
PHENIX	精密化
PHASER	位相決定
Coot	モデル構築

精密化

解像度: 1.85→49.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	-	-
R_work	0.2093	-	-
obs	-	286233	99.76 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21231	0	80	2572	23883

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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