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- PDB-4u0j: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis enoyl reductase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0j
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis enoyl reductase (INHA) complexed with 1-CYCLOHEXYL-5-OXO-N-PHENYLPYRROLIDINE-3-CARBOXAMIDE, refined with new ligand restraints
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / pyrrolidine carboxamide
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-566 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.62 Å
データ登録者He, X. / Alian, A. / Stroud, R.M. / Ortiz de Montellano, P.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56531 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2006
タイトル: Pyrrolidine carboxamides as a novel class of inhibitors of enoyl acyl carrier protein reductase from Mycobacterium tuberculosis
著者: He, X. / Alian, A. / Stroud, R.M. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年7月30日ID: 2H7I
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5053
ポリマ－28,5551
非ポリマー9502
水5,170287
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,01812
ポリマ－114,2194
非ポリマー3,7998
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_553y,x,-z-4/31
crystal symmetry operation10_663-y+1,-x+1,-z-4/31
Buried area21960 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.540, 97.540, 140.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21A-529-

HOH

31A-579-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-gold (DE3)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-566 / (3S)-1-CYCLOHEXYL-5-OXO-N-PHENYLPYRROLIDINE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 286.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% MPD, 50mM Na Citrate pH 6.5, Hepes pH 7.0 / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月5日
放射モノクロメーター: double flat, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→54.02 Å / Num. all: 46805 / Num. obs: 46805 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
CNS位相決定
Cootモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.62→54 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1663 2327 5.11 %random
Rwork0.1495 ---
obs0.1504 46801 88.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 65 287 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2862888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.113788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.63840.319700.27691487X-RAY DIFFRACTION49
1.6384-1.65770.2791620.26441576X-RAY DIFFRACTION51
1.6577-1.67790.2848760.23421685X-RAY DIFFRACTION56
1.6779-1.69920.2616870.22331773X-RAY DIFFRACTION59
1.6992-1.72150.2667970.2061873X-RAY DIFFRACTION63
1.7215-1.74510.21661090.18922089X-RAY DIFFRACTION68
1.7451-1.770.19621130.19132216X-RAY DIFFRACTION74
1.77-1.79650.18971370.19852442X-RAY DIFFRACTION82
1.7965-1.82450.1881510.18452778X-RAY DIFFRACTION92
1.8245-1.85440.17721880.18362862X-RAY DIFFRACTION97
1.8544-1.88640.21881660.18032923X-RAY DIFFRACTION98
1.8864-1.92070.21531390.1683006X-RAY DIFFRACTION98
1.9207-1.95770.20891480.17082931X-RAY DIFFRACTION98
1.9577-1.99760.19141330.16622996X-RAY DIFFRACTION98
1.9976-2.04110.18761530.16772957X-RAY DIFFRACTION98
2.0411-2.08850.16841860.15672936X-RAY DIFFRACTION99
2.0885-2.14080.1981420.15082986X-RAY DIFFRACTION99
2.1408-2.19870.17591540.14782957X-RAY DIFFRACTION98
2.1987-2.26340.17281490.14372974X-RAY DIFFRACTION98
2.2634-2.33640.15751630.13832968X-RAY DIFFRACTION99
2.3364-2.41990.16191810.13922949X-RAY DIFFRACTION99
2.4199-2.51680.15581760.14332975X-RAY DIFFRACTION99
2.5168-2.63140.1851690.14532980X-RAY DIFFRACTION99
2.6314-2.77010.16141520.1462984X-RAY DIFFRACTION99
2.7701-2.94360.17822000.13942949X-RAY DIFFRACTION99
2.9436-3.17090.15051850.13682966X-RAY DIFFRACTION99
3.1709-3.48990.17081410.14573037X-RAY DIFFRACTION100
3.4899-3.99480.12091520.13182990X-RAY DIFFRACTION100
3.9948-5.03240.13581620.1213010X-RAY DIFFRACTION100
5.0324-54.04760.1691780.16672999X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.3476 Å / Origin y: 47.863 Å / Origin z: -88.2565 Å
111213212223313233
T0.1223 Å2-0.0003 Å2-0.0031 Å2-0.231 Å20.0122 Å2--0.1832 Å2
L0.3266 °2-0.0433 °20.236 °2-0.3223 °20.0201 °2--0.4726 °2
S-0.0186 Å °-0.0256 Å °0.0485 Å °0.0312 Å °-0.0171 Å °-0.0657 Å °-0.0604 Å °0.1876 Å °-0.0149 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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