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万見
- PDB-4tzw: Co-crystals of the Ternary Complex Containing a T-box Stem I RNA,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzw
タイトルCo-crystals of the Ternary Complex Containing a T-box Stem I RNA, its Cognate tRNAGly, and B. subtilis YbxF protein, treated by removing lithium sulfate and replacing Mg2+ with Sr2+ post crystallization
要素
  • Ribosome-associated protein L7Ae-like
  • T-box Stem I
  • engineered tRNA
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA / RNA / riboswitch / tRNA / T-box / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, putative / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-binding protein YbxF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.671 Å
データ登録者Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Dramatic Improvement of Crystals of Large RNAs by Cation Replacement and Dehydration.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Co-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in complex with its cognate tRNA.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-associated protein L7Ae-like
B: engineered tRNA
C: T-box Stem I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,01339
ポリマ－65,8593
非ポリマー3,15436
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9540 Å2
ΔGint-1015 kcal/mol
Surface area31920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.316, 75.316, 268.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SR

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-associated protein L7Ae-like


分子量: 8492.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rplGB, ybaB, ybxF, BSU01090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46350
#2: RNA鎖 engineered tRNA


分子量: 24258.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#3: RNA鎖 T-box Stem I


分子量: 33107.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア)
#4: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 % / 解説: rectangular or rhombic plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Bis-Tris (HCl) pH 6.5, 300 mM Li2SO4, and 20% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月31日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.67→45.79 Å / Num. obs: 4428 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 4.67→4.84 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LCK

4lck


解像度: 4.671→45.786 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3312 766 10.03 %Random
Rwork0.2641 ---
obs0.2711 7638 97.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.671→45.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数524 3789 36 0 4349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6817334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7872286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.671-5.03110.40411550.33931374X-RAY DIFFRACTION99
5.0311-5.53670.34681530.26351382X-RAY DIFFRACTION99
5.5367-6.3360.37071520.23771392X-RAY DIFFRACTION98
6.336-7.97590.38961510.3011369X-RAY DIFFRACTION97
7.9759-45.78860.29291550.24851355X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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