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- PDB-4tto: Quasi-racemic structure of [V25A] kalata B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tto
タイトルQuasi-racemic structure of [V25A] kalata B1
要素
  • D-kalata B1
  • Kalata-B1
キーワードPLANT PROTEIN / cyclic peptide / disulfide bonds
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Kalata-B1
類似検索 - 構成要素
生物種Oldenlandia affinis (植物)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.3002 Å
データ登録者Wang, C.K. / King, G.J. / Craik, D.J.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)LP110200213 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)546578 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1026501 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Racemic and Quasi-Racemic X-ray Structures of Cyclic Disulfide-Rich Peptide Drug Scaffolds.
著者: Wang, C.K. / King, G.J. / Northfield, S.E. / Ojeda, P.G. / Craik, D.J.
履歴
登録2014年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kalata-B1
B: D-kalata B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8072
ポリマ－5,8072
非ポリマー00
水1,20767
1
A: Kalata-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8891
ポリマ－2,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-kalata B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9171
ポリマ－2,9171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.377, 26.214, 37.234
Angle α, β, γ (deg.)90.99, 100.60, 99.13
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kalata-B1


分子量: 2889.292 Da / 分子数: 1 / 変異: V25A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P56254
#2: Polypeptide(D) D-kalata B1


分子量: 2917.345 Da / 分子数: 1 / 変異: V25A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% w/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 4% v/v 1,3-Propanediol or 14% w/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 5% w/v polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→21.61 Å / Num. obs: 4432 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.95 % / Biso Wilson estimate: 49.66 Å2 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.3002→21.602 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3271 349 10.04 %
Rwork0.2422 --
obs0.2506 3477 95.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3002→21.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数392 0 85 67 544
Biso mean--16.36 26.75 -
残基数----47
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.158549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.355135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.89690.38061730.27331546X-RAY DIFFRACTION95
2.8969-21.60250.30141760.22561582X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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