PDB-4tqc: The co-complex structure of the translation initiation factor eIF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tqc

タイトル

The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

PROTEIN BINDING / eIF4E / translation initiation inhibitor / allosteric / 4EGI1

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Wagner, G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the eukaryotic translation initiation factor eIF4E in complex with 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G.
著者: Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Kabha, E. / Takrouri, K.J. / Yi, T. / Salvi, N. / Luna, R.E. / Gavathiotis, E. / Mahalingam, P. / Arthanari, H. / Rodriguez-Mias, R. / Yefidoff-Freedman, R. / ...

履歴

登録	2014年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Experimental preparation
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月23日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _atom_site.id / _atom_site_anisotrop.id ..._atom_site.id / _atom_site_anisotrop.id / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.version
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tqc.cif.gz	246 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tqc.ent.gz	199.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tqc_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tqc_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4tqc_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	4tqc_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4tpwC 4tqbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x7f-d 5zj7-d 6mdu-d 4eyf-1 1oq1-3 1kd6-d 4rl0-3 6t5l-1 4h0d-1 6xci-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

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「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.210, 73.640, 66.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 74.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 22290.334 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#2: 化合物	ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 459.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉N₅O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-34J / (2S)-3-(4-amino-3-nitrophenyl)-2-{2-[4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinyl}propanoic acid 分子量: 468.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₈H₁₅Cl₂N₅O₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 8.5, 10% IPN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.55 Å / Num. obs: 32707 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.27 % / Net I/σ(I): 24.7

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.8→19.5 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	1432	4.38 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1625	32700	93.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2940	0	88	410	3438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79	4210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.054	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8675	0.251	87	0.222	2191	X-RAY DIFFRACTION	66
1.8675-1.9422	0.2498	155	0.2004	3135	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9422-2.0306	0.1961	143	0.1896	3250	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0306-2.1375	0.2029	150	0.1736	3266	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1375-2.2712	0.2206	145	0.1687	3222	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2712-2.4463	0.1987	145	0.1617	3258	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4463-2.6919	0.1882	159	0.1657	3257	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6919-3.0801	0.1899	143	0.1588	3242	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0801-3.8757	0.2048	152	0.1428	3218	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8757-19.5527	0.1669	153	0.1534	3229	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3805	-0.5484	2.6848	1.2346	-0.1953	6.6808	-0.0577	-0.0667	0.1955	-0.1554	-0.0736	0.1231	-0.4877	-0.3661	0.0379	0.3371	0.0024	0.0227	0.1627	0.0141	0.2742	3.8209	-4.2503	-1.5714
2	5.6161	0.5412	4.4381	3.9459	1.4975	7.7146	-0.4352	0.4744	0.8275	-0.6436	-0.2176	-0.0746	-0.9719	-0.1673	-0.2698	0.4574	0.0872	-0.0592	0.2425	0.0234	0.2658	-0.5487	-0.3336	-4.7139
3	2.4756	0.1742	-0.3135	2.3382	-0.4653	4.8785	-0.3669	0.0468	0.3734	-0.2183	0.2494	-0.0769	-0.606	0.1881	-0.0945	0.3677	-0.031	-0.0448	0.1733	0.0065	0.2124	10.1155	-1.6697	9.3183
4	9.3714	2.6555	2.7955	7.6633	-3.2176	3.1643	-0.5755	0.5642	-0.646	1.023	0.018	1.0757	-0.7823	-2.1995	0.2176	0.5572	0.2049	-0.0153	0.8428	-0.1236	0.7796	-4.0918	-2.4561	10.1045
5	4.9433	0.6579	1.761	5.4325	0.179	7.1303	-0.006	0.2607	0.133	-0.2572	0.0075	0.2386	-0.6891	-0.3237	0.0798	0.3041	0.0517	-0.0113	0.2102	0.0402	0.2019	3.4423	-8.5521	-5.3825
6	4.0325	-1.0433	-0.0361	2.1751	2.7125	7.5338	0.2545	0.4595	0.272	-1.2231	0.0485	-0.2607	-0.0165	1.2586	0.4154	0.5018	0.0377	0.0307	0.3805	-0.0328	0.2649	8.9708	-15.0014	-13.6227
7	3.1494	-0.4714	1.6778	6.3217	0.3608	3.6126	0.0733	-0.7908	-0.0177	0.2019	0.0854	1.2773	0.3351	-1.4065	0.4671	0.2693	-0.0719	0.0106	0.5963	0.0386	0.4742	-5.0523	-19.3919	6.3617
8	4.7522	0.1294	-0.1947	4.2654	-0.8658	6.9089	-0.0185	-0.2183	0.1805	0.18	0.232	0.2803	0.0883	-0.3232	0.2048	0.1753	0.0079	0.0252	0.1347	0.0282	0.1714	5.8425	-14.1578	9.4443
9	4.2899	-3.54	0.2226	7.5674	0.899	4.5358	-0.0531	0.3828	-0.2549	-0.6141	0.1526	-0.5039	-0.1474	1.5896	0.3433	0.276	0.0333	0.0764	0.4751	-0.1116	0.3589	17.7205	-20.2717	0.81
10	3.4867	-0.8562	1.4662	3.6186	0.302	4.0084	0.0161	-0.2018	-0.1613	-0.0885	0.1211	0.3879	0.0328	-0.6232	0.2419	0.1825	0.0067	-0.0073	0.2521	0.045	0.1934	-0.0646	-15.4197	-0.2515
11	6.3099	-2.5061	-0.1926	5.9143	-3.2768	2.2847	0.7092	1.0032	-0.9688	-1.6522	-0.0638	-0.2258	1.3911	0.5303	0.8024	0.8518	0.2544	-0.0484	0.4273	-0.1669	0.3756	11.866	-26.6389	-8.9098
12	5.2111	0.4766	-1.7785	5.0353	1.0546	3.2754	-0.0432	0.058	-0.6499	-0.1056	-0.1414	-0.1586	0.8341	0.0272	0.1726	0.2658	0.0239	-0.0006	0.1676	-0.0305	0.2084	10.054	-25.5394	2.9629
13	5.8436	5.6257	-2.3081	6.0044	0.1317	9.9619	0.1913	0.774	-0.7508	1.0343	-0.03	-0.5306	0.056	0.4698	-0.0163	0.258	-0.0123	-0.0134	0.3204	0.0208	0.2321	6.517	-23.6783	11.6083
14	2.643	-1.0725	-1.2189	1.4401	-1.2534	3.8629	0.5033	-0.0941	-0.7882	0.6681	0.0332	1.03	0.2875	-0.4511	0.3089	0.6428	-0.1776	-0.106	0.2576	0.0817	0.5665	0.6556	-28.9602	3.4096
15	5.9419	-0.7605	2.5841	6.8537	2.0339	4.4639	-0.0755	-0.1295	-0.5801	-0.4848	-0.0093	0.3552	0.5468	-0.8834	-0.142	0.4933	-0.071	-0.0653	0.3223	-0.0098	0.209	-2.3921	-21.3934	-12.3004
16	2.3603	-0.6003	-2.4425	3.1998	0.2245	2.595	0.2142	0.381	-0.6042	-0.4	-0.0283	0.4506	0.8518	-0.5891	0.2013	0.7048	-0.1355	-0.2577	0.2603	-0.0532	0.4047	0.5867	-28.9498	-6.0029
17	7.5812	-0.5405	0.4763	3.7729	3.5344	4.179	0.1018	0.4026	-0.3501	-0.0177	0.1793	-0.5305	0.1798	0.7544	-0.012	0.261	0.0323	0.0129	0.2715	0.0071	0.2843	20.9955	-21.8177	15.6612
18	7.4722	-0.9759	-1.0211	4.5408	-0.0544	4.6719	-0.2044	-0.0871	-0.2381	0.3982	0.0567	0.0217	0.6358	-0.4974	0.1116	0.2434	-0.0101	-0.0128	0.1671	-0.0015	0.21	12.3442	-18.6911	32.0796
19	2.7906	1.3025	2.5237	0.6805	1.5934	5.238	-0.0091	-0.72	-0.0683	0.8091	0.2503	1.0397	-0.5087	-2.0539	-0.1676	0.6369	0.0998	0.2581	1.1789	0.2154	0.6209	1.7942	-16.9878	47.4252
20	1.3163	0.2282	0.8276	1.1246	0.7804	4.6531	0.0855	-0.0929	-0.1232	0.1796	-0.0435	-0.0342	0.4869	-0.1117	0.0682	0.2204	-0.0181	0.0264	0.1342	0.0262	0.1925	11.1308	-20.8381	27.9992
21	4.4138	-0.5707	-3.0162	3.2385	2.6857	8.9794	0.1027	-0.2137	-0.5052	0.6113	-0.3675	1.9462	0.5069	-0.0745	0.7772	0.5883	-0.1539	0.0769	0.3906	-0.1057	0.5297	1.2149	-19.4714	24.8705
22	1.7527	-0.0349	-0.3434	4.2132	-0.2553	5.8584	0.1113	-0.1218	-0.157	0.3969	-0.0957	0.4287	0.2987	-0.4895	0.0453	0.2806	-0.051	0.0196	0.1955	0.0219	0.257	9.2055	-14.5321	34.4644
23	2.8446	0.1566	-1.8634	2.4115	0.2324	1.6073	-0.2741	-0.6194	-0.1446	-0.5944	0.2894	-0.3715	0.22	0.1437	0.3284	0.2869	-0.0261	-0.0381	0.2636	0.0744	0.2655	21.6316	-11.5388	40.4811
24	3.7753	1.0474	-0.927	4.3097	-0.1924	4.331	-0.1869	0.0848	0.4656	0.2338	-0.0194	0.5876	-0.2666	-0.9561	-0.0816	0.2753	0.0541	0.0654	0.3164	-0.0149	0.2735	4.91	-2.9037	30.7696
25	5.525	-0.468	-0.7351	2.131	-0.652	3.8321	-0.0934	-0.0174	0.1117	0.0736	0.1144	0.1191	-0.1635	-0.0872	0.0708	0.189	0.004	0.0035	0.132	0.0192	0.2011	10.8192	-8.7407	22.0108
26	3.7727	4.5485	-4.3775	5.8467	-3.9802	2.0024	-0.8563	1.4378	-0.3153	-0.9207	0.2793	-1.3793	1.195	0.7237	-0.3972	0.3972	-0.0874	0.115	0.5232	0.0092	0.4518	25.8795	-4.6355	23.3833
27	1.9794	0.884	0.7838	3.5835	0.3233	3.4086	-0.015	-0.3225	0.2002	0.3135	-0.0156	0.1412	-0.1324	-0.3031	-0.0368	0.235	0.0196	0.0154	0.1948	0.0198	0.2139	10.8184	-6.3144	33.6101
28	7.2262	1.5454	-1.539	4.7223	-2.2648	1.1971	-0.3405	0.2658	0.714	0.3681	-0.1974	-0.4804	-0.863	0.9417	-0.4926	0.296	-0.0796	-0.0317	0.2459	0.0313	0.3247	23.2553	2.7768	29.515
29	7.9942	-2.4906	1.6056	2.8082	-1.3885	6.1539	-0.0564	0.3102	0.6151	-0.9146	0.0384	0.0456	-0.2349	0.388	0.1416	0.3271	-0.0235	0.0009	0.1597	0.008	0.2306	13.8548	1.478	21.285
30	0.9857	-0.5044	-0.6192	4.9991	1.9789	1.1449	0.0093	-0.0351	0.016	-0.3651	-0.2192	0.1926	-0.153	-0.386	-0.1387	0.2934	0.0202	0.0014	0.1642	0.0009	0.237	8.7009	5.4961	26.178
31	4.6667	-0.4347	-1.1874	7.5603	0.4233	2.2887	-0.1135	-0.4864	0.6157	1.1592	-0.0253	0.2532	-0.4898	-0.2613	-0.2519	0.4411	-0.0085	-0.0361	0.2742	-0.0351	0.2451	14.0128	-0.8112	43.6848
32	4.6165	1.0482	2.4774	0.379	0.957	2.8621	-0.381	-0.8201	0.3892	1.3292	0.0329	-0.1384	-0.6425	-0.4876	-0.0346	0.6823	0.0467	-0.0838	0.2919	-0.0567	0.3023	14.9175	6.2435	37.2059
33	0.8074	-0.0494	0.3044	0.1627	0.0987	0.1975	-1.2059	-0.5676	-0.039	-0.0962	0.6182	0.7498	1.2266	-1.0394	-0.012	0.4979	0.0491	-0.0381	0.5875	0.0072	0.3994	-6.602	-13.5637	-8.1004
34	1.2033	0.2071	-0.0008	0.4695	0.6484	0.9806	-0.8716	-0.1999	0.7011	0.9062	0.8456	1.0568	-1.4332	-0.722	-0.0462	0.4787	0.0365	0.0899	0.4643	0.067	0.4875	7.3352	-8.2007	43.2362
35	8.5174	4.8442	1.7968	3.9961	2.7836	3.1236	0.2858	0.2627	-0.792	0.8757	-0.0052	0.383	0.3882	1.311	-0.1396	0.6109	0.0098	-0.0855	0.487	0.0141	0.5872	-5.088	2.5968	1.825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 35:57)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 58:64)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 65:78)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 79:87)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 88:104)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 105:109)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 110:124)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 125:141)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 142:147)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 148:168)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 169:174)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 175:184)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 185:189)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 190:198)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 199:206)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 207:217)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 35:40)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 41:49)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 50:55)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 56:77)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 78:82)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 83:102)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 103:107)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 108:125)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 126:142)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 143:147)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 148:170)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 171:180)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 181:186)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 187:197)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 198:206)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 207:217)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain A and resid 301)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 1000)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain A and resid 302)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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