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万見
- PDB-4tq1: Crystal structure of human ATG5-TECAIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tq1
タイトルCrystal structure of human ATG5-TECAIR
要素
  • Autophagy protein 5
  • Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / autophagy protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


otolith development / regulation of autophagosome maturation / positive regulation of viral translation / response to fluoride / regulation of cytokine production involved in immune response / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / antigen processing and presentation of endogenous antigen / phagophore / negative regulation of defense response to virus ...otolith development / regulation of autophagosome maturation / positive regulation of viral translation / response to fluoride / regulation of cytokine production involved in immune response / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / antigen processing and presentation of endogenous antigen / phagophore / negative regulation of defense response to virus / cellular response to nitrosative stress / ventricular cardiac muscle cell development / positive regulation of stress granule assembly / negative regulation of autophagic cell death / regulation of cilium assembly / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / aggrephagy / mucus secretion / response to fungus / transferase complex / negative thymic T cell selection / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / negative stranded viral RNA replication / response to iron(II) ion / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of mucus secretion / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / chaperone-mediated autophagy / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / heart contraction / axoneme / autophagosome membrane / mitophagy / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood vessel remodeling / negative regulation of protein ubiquitination / cardiac muscle cell apoptotic process / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / negative regulation of innate immune response / post-translational protein modification / establishment of localization in cell / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / macroautophagy / autophagy / vasodilation / phagocytic vesicle membrane / chromatin organization / cytoplasmic vesicle / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / axon / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxin domain / Integral peroxisomal membrane peroxin / Propeller / Tectonin domain / Autophagy protein Apg5, helix rich domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #620 / Peroxin/Ferlin domain / : / : / : ...Peroxin domain / Integral peroxisomal membrane peroxin / Propeller / Tectonin domain / Autophagy protein Apg5, helix rich domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #620 / Peroxin/Ferlin domain / : / : / : / Autophagy protein ATG5, alpha-helical bundle region / Autophagy protein ATG5, UblA domain / Dysferlin domain, N-terminal region. / Dysferlin domain, C-terminal region. / Autophagy-related protein 5 / Autophagy protein Atg5, helix rich domain / Autophagy protein Atg5, UblA domain / Autophagy protein ATG5, UblB domain / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1 / Autophagy protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Kim, J.H. / Hong, S.B. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2015
タイトル: Insights into autophagosome maturation revealed by the structures of ATG5 with its interacting partners
著者: Kim, J.H. / Hong, S.B. / Lee, J.K. / Han, S. / Roh, K.H. / Lee, K.E. / Kim, Y.K. / Choi, E.J. / Song, H.K.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy protein 5
B: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8842
ポリマ－38,8842
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.618, 71.919, 96.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Autophagy protein 5 / APG5-like / Apoptosis-specific protein


分子量: 34039.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG5, APG5L, ASP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H1Y0
#2: タンパク質・ペプチド Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1


分子量: 4844.444 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 503-540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TECPR1, KIAA1358 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6L1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, PEG 1000, PEG 3350, alcohols, MES-imdazole / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28746 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 34

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.802→34.78 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1926 6.97 %
Rwork0.178 --
obs0.1811 27641 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→34.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 0 190 2615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0413378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.393931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8017-1.84680.27721220.21941658X-RAY DIFFRACTION87
1.8468-1.89670.24461240.2081660X-RAY DIFFRACTION89
1.8967-1.95250.20761340.18891730X-RAY DIFFRACTION92
1.9525-2.01550.20211350.19121769X-RAY DIFFRACTION95
2.0155-2.08750.22021370.18291816X-RAY DIFFRACTION96
2.0875-2.17110.2711340.17971829X-RAY DIFFRACTION96
2.1711-2.26990.24431370.17621825X-RAY DIFFRACTION98
2.2699-2.38960.23361360.17991856X-RAY DIFFRACTION98
2.3896-2.53920.23351410.18681872X-RAY DIFFRACTION98
2.5392-2.73520.21721410.18931878X-RAY DIFFRACTION98
2.7352-3.01030.22251410.17941890X-RAY DIFFRACTION99
3.0103-3.44560.2411450.17791927X-RAY DIFFRACTION100
3.4456-4.33980.21321440.15471944X-RAY DIFFRACTION100
4.3398-34.7870.19311550.17682061X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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