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- PDB-4tpu: CRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN-DEPENDENT DISULFIDE REDUCTASE FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FERREDOXIN-DEPENDENT DISULFIDE REDUCTASE FROM METHANOSARCINA ACETIVORANS
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / FTR-LIKE PROTEIN / DISULFIDE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / IRON/SULFUR CLUSTER / UREA / Ferredoxin-thioredoxin reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.355 Å
データ登録者Kumar, A.K. / Yennawar, H.P. / Yennawar, N.H. / Ferry, J.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Ferredoxin:Thioredoxin Reductase-like Enzyme from Methanosarcina acetivorans.
著者: Kumar, A.K. / Kumar, R.S. / Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Ferry, J.G.
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,63517
ポリマ－20,3601
非ポリマー1,27516
水84747
1
A: Rubredoxin
ヘテロ分子

A: Rubredoxin
ヘテロ分子

A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,90651
ポリマ－61,0813
非ポリマー3,82548
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area9430 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.181, 93.181, 93.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

21A-426-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Rubredoxin


分子量: 20360.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 遺伝子: MA_1659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TQ92

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非ポリマー , 7種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER, 0.1M UREA, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.355→50 Å / Num. all: 11465 / Num. obs: 11465 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 18.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.355→29.47 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1086 9.89 %Random selection
Rwork0.202 ---
obs0.208 10978 95.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.69 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.355→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1358 0 33 47 1438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4551914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.458542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3547-2.46180.31471280.23321168X-RAY DIFFRACTION91
2.4618-2.59150.33121330.2461164X-RAY DIFFRACTION93
2.5915-2.75380.28471320.24161200X-RAY DIFFRACTION94
2.7538-2.96620.30461270.22441202X-RAY DIFFRACTION95
2.9662-3.26440.27371360.21341270X-RAY DIFFRACTION99
3.2644-3.73590.28581410.21541245X-RAY DIFFRACTION97
3.7359-4.70380.24621440.161284X-RAY DIFFRACTION98
4.7038-29.46870.24171450.19711359X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.2073 Å / Origin y: 18.3517 Å / Origin z: 4.8343 Å
111213212223313233
T0.2808 Å20.0188 Å20.1075 Å2-0.3371 Å2-0.0132 Å2--0.3245 Å2
L5.124 °2-0.5028 °21.2345 °2-0.1196 °2-0.0119 °2--0.6385 °2
S-0.0164 Å °-0.137 Å °0.1801 Å °-0.0166 Å °-0.0035 Å °-0.0803 Å °0.1037 Å °0.1648 Å °0.0157 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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