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- PDB-4tpo: High-resolution structure of TxtE with bound tryptophan substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpo
タイトルHigh-resolution structure of TxtE with bound tryptophan substrate
要素Putative P450-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome / p450 / heme / nitration
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
4-nitrotryptophan synthase / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN / Putative P450-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces scabies (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.225 Å
データ登録者Cahn, J.K.B. / Dodani, S.C. / Brinkmann-Chen, S. / Heinsich, T. / McIntosh, J.A. / Arnold, F.H.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Structural, Functional, and Spectroscopic Characterization of the Substrate Scope of the Novel Nitrating Cytochrome P450 TxtE.
著者: Dodani, S.C. / Cahn, J.K. / Heinisch, T. / Brinkmann-Chen, S. / McIntosh, J.A. / Arnold, F.H.
履歴
登録2014年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,45210
ポリマ－44,9711
非ポリマー1,4819
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.832, 79.657, 112.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative P450-like protein


分子量: 44971.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabies (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_31831 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9ZDC6

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非ポリマー , 5種, 418分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.25 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL K-B FOCUSING MIRRORS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.225→65.021 Å / Num. all: 170299 / Num. obs: 170299 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.126 / Net I/av σ(I): 1.859 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 612659
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.225-1.2930.9950.868503226900.6540.995190.1
1.29-1.373.60.6571.286166236980.3980.6571.899.7
1.37-1.463.60.4071.979967222710.2470.4072.799.4
1.46-1.583.70.2373.177670208430.1410.2374.599.7
1.58-1.733.60.166469353191650.0980.1666.199.3
1.73-1.943.80.1324.466118174100.0760.1328.299.7
1.94-2.243.70.1164.656293153150.0670.1169.899
2.24-2.743.80.1134.750298130940.0650.11311.199.6
2.74-3.873.70.1164.337417100830.0680.11611.498.2
3.87-37.6873.60.1194.32087457300.0710.11911.597.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0069精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 1.225→65.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.337 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16026 8558 5 %RANDOM
Rwork0.13787 ---
obs0.139 161654 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.225→65.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 96 409 3609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0193341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2561.9854593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46337241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.461.8841622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.461.8841621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1032.8222029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1032.8232030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3132.3581719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.162.3171703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.953.2982530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.60520.9423258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.43420.1753005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.09736499
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.3965108
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.51356711
LS精密化 シェル解像度: 1.225→1.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 478 -
Rwork0.326 9813 -
obs--80.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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