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- PDB-4toq: Crystal structure of class III chitinase from pomegranate provide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4toq
タイトルCrystal structure of class III chitinase from pomegranate provides the insight into its metal storage capacity
要素Class III chitinase
キーワードHYDROLASE / chitinase / metal binding / a / b-barrel / pomegranate seed
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloplast / seedling development / seed germination / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic endochitinase Pun g 14, amyloplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Punica granatum (ザクロ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Masuda, T. / Zhao, G. / Mikami, B.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of class III chitinase from pomegranate provides the insight into its metal storage capacity.
著者: Masuda, T. / Zhao, G. / Mikami, B.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32015年11月4日Group: Data collection
改定 1.42020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class III chitinase
B: Class III chitinase
C: Class III chitinase
D: Class III chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,62923
ポリマ－116,1004
非ポリマー52919
水22,9151272
1
A: Class III chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2178
ポリマ－29,0251
非ポリマー1927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Class III chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1806
ポリマ－29,0251
非ポリマー1555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Class III chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1586
ポリマ－29,0251
非ポリマー1335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Class III chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0743
ポリマ－29,0251
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.462, 79.969, 97.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Class III chitinase


分子量: 29025.045 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 27-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Punica granatum (ザクロ) / 遺伝子: PSC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UH28, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, Tris-HCl, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 111603 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.939 / Net I/av σ(I): 30.725 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 558123
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.664.60.412107081.7693.4
1.66-1.724.70.335108221.77593.7
1.72-1.84.70.262108831.79294.6
1.8-1.94.80.194108711.83194.5
1.9-2.024.90.136110261.85695.7
2.02-2.175.10.1112551.84497.3
2.17-2.395.20.077113481.78698.5
2.39-2.745.30.061114611.69398.9
2.74-3.455.40.046115421.85299.3
3.45-505.20.049116873.06299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOLREPモデル構築
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→30.595 Å / FOM work R set: 0.8777 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 5612 5.03 %
Rwork0.1547 105932 -
obs0.1566 111544 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.57 Å2 / Biso mean: 14.7 Å2 / Biso min: 4.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8159 0 19 1272 9450
Biso mean--22.24 23.38 -
残基数----1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14612039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3533093
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5982-1.61630.2351790.19683323350292
1.6163-1.63540.28031730.19093407358094
1.6354-1.65530.22061630.18633397356093
1.6553-1.67630.23131950.17793389358493
1.6763-1.69830.22931620.17993454361694
1.6983-1.72160.23731650.17633456362193
1.7216-1.74620.22051890.17553414360395
1.7462-1.77220.22321700.17593473364393
1.7722-1.79990.23082130.17013428364196
1.7999-1.82940.23031720.1753441361394
1.8294-1.8610.23011850.16343476366196
1.861-1.89480.21161760.16283418359494
1.8948-1.93120.23691980.15973497369596
1.9312-1.97070.18651640.15513503366795
1.9707-2.01350.19462100.16323454366495
2.0135-2.06030.20782050.16073550375597
2.0603-2.11180.21261880.1513568375697
2.1118-2.16890.18961760.14693563373997
2.1689-2.23270.1862060.14633589379599
2.2327-2.30480.17451900.15643599378998
2.3048-2.38710.22292040.15643571377599
2.3871-2.48260.19161810.16253672385399
2.4826-2.59560.22021970.16663594379199
2.5956-2.73230.20981920.17513627381999
2.7323-2.90340.20051810.17293655383699
2.9034-3.12740.20491850.163655384099
3.1274-3.44170.15842090.13983652386199
3.4417-3.93890.13662000.125636673867100
3.9389-4.95910.1431870.120636903877100
4.9591-30.60080.17511970.15083750394799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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