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- PDB-4tn0: Crystal Structure of the C-terminal Periplasmic Domain of Phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tn0
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Periplasmic Domain of Phosphoethanolamine Transferase EptC from Campylobacter jejuni
要素UPF0141 protein yjdB
キーワードTRANSFERASE / Alkaline phosphatase-like / Phosphoethanolamine transferase / Phosphothreonine / Periplasm
機能・相同性Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni HB93-13 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fage, C.D. / Brown, D. / Boll, J.M. / Keatinge-Clay, A.T. / Trent, M.S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI064184 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI076322 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106112 米国
Army Research OfficeW911NF-12-1-0390 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic study of the phosphoethanolamine transferase EptC required for polymyxin resistance and motility in Campylobacter jejuni.
著者: Fage, C.D. / Brown, D.B. / Boll, J.M. / Keatinge-Clay, A.T. / Trent, M.S.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0141 protein yjdB
B: UPF0141 protein yjdB
C: UPF0141 protein yjdB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8316
ポリマ－110,6343
非ポリマー1963
水32418
1
A: UPF0141 protein yjdB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9442
ポリマ－36,8781
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UPF0141 protein yjdB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9442
ポリマ－36,8781
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UPF0141 protein yjdB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9442
ポリマ－36,8781
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.850, 183.140, 121.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 UPF0141 protein yjdB


分子量: 36878.145 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 203-512 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni HB93-13 (カンピロバクター)
遺伝子: CJJHB9313_0266 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3ZEY5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM diammonium phosphate, 15% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.268 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.268 Å / 相対比: 1
Reflection数: 392584 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.4 Å / Num. obs: 102491 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
7.5910.73209510.031
6.27.59273510.042
5.376.2321410.047
4.85.37365310.045
4.384.8403510.046
4.064.38437210.049
3.794.06469710.061
3.583.79500310.074
3.393.58530610.097
3.243.39555310.114
3.13.24585010.152
2.983.1605410.203
2.872.98633210.266
2.772.87656010.337
2.682.77673910.432
2.62.68699310.554
2.532.6716210.686
2.462.53742710.881
2.42.46756910.996
反射解像度: 2.4→55 Å / Num. obs: 102491 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 39.51 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 10.63 / Num. measured all: 392584
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.460.6740.9961.4528951759975691.15699.6
2.46-2.530.6960.8811.5728374745774271.02399.6
2.53-2.60.7720.686227374718271620.79799.7
2.6-2.680.8210.5542.5926079703469930.64799.4
2.68-2.770.8980.4323.0325916676367390.50299.6
2.77-2.870.9290.3373.925408656665600.39199.9
2.87-2.980.950.2664.9524559633863320.30999.9
2.98-3.10.970.2036.5423466605960540.23599.9
3.1-3.240.9810.1528.6922656585458500.17799.9
3.24-3.390.9890.11411.5621455556055530.13299.9
3.39-3.580.9910.09713.8319922533153060.11399.5
3.58-3.790.9940.07417.3418690502350030.08699.6
3.79-4.060.9960.06119.9517372472946970.07199.3
4.06-4.380.9970.04923.2816891437643720.05799.9
4.38-4.80.9970.04625.0915538403740350.053100
4.8-5.370.9980.04525.1814178365636530.05399.9
5.37-6.20.9970.04723.4112528321532140.055100
6.2-7.590.9980.04225.6510658273527350.049100
7.59-10.730.9980.03132.148164209520950.035100
10.730.9980.02635.474405116411420.03198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.29 Å54.58 Å
Translation2.29 Å54.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→54.58 Å / FOM work R set: 0.7749 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 2703 5.07 %Random selection
Rwork0.2147 97250 --
obs0.2168 102446 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.19 Å2 / Biso mean: 49.77 Å2 / Biso min: 19.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→54.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7390 0 3 18 7411
Biso mean--35.23 38.75 -
残基数----923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28410234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2852766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.42720.38021730.32983266343999
2.4272-2.45580.38451680.320432073375100
2.4558-2.48580.35451880.32613229341799
2.4858-2.51720.35321600.301832583418100
2.5172-2.55030.32861620.298232353397100
2.5503-2.58530.32161710.294232663437100
2.5853-2.62220.3391870.306632443431100
2.6222-2.66130.35851910.32013162335399
2.6613-2.70290.39131550.32233251340699
2.7029-2.74720.35641820.289532583440100
2.7472-2.79460.29911500.265232373387100
2.7946-2.84540.33621500.26832513401100
2.8454-2.90020.31771740.266433193493100
2.9002-2.95930.30471970.267332113408100
2.9593-3.02370.29791990.275831923391100
3.0237-3.0940.33291900.274932593449100
3.094-3.17140.32461710.273532103381100
3.1714-3.25710.32691740.248932643438100
3.2571-3.3530.26031850.236332433428100
3.353-3.46120.3121600.23853230339099
3.4612-3.58480.28851780.232532623440100
3.5848-3.72830.2241450.20683238338399
3.7283-3.8980.23291430.18753275341899
3.898-4.10340.21161840.18132283412100
4.1034-4.36040.19291820.156132283410100
4.3604-4.69690.16351500.143632823432100
4.6969-5.16930.19491990.14831983397100
5.1693-5.91650.2171920.163632393431100
5.9165-7.45120.21231430.163533033446100
7.4512-54.59410.16541930.14433205339899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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