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万見
- PDB-4tme: Crystal Structure of EutL from Clostridium Perfringens bound to e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tme
タイトルCrystal Structure of EutL from Clostridium Perfringens bound to ethanolamine
要素Ethanolamine utilization protein EutL
キーワードTRANSPORT PROTEIN / bacterial microcompartment / Eut / BMC shell protein / ethanolamine / room temperature crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment / cobalamin binding / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein, EutL/PduB type / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOLAMINE / Ethanolamine utilization protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein EutL
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens E str. JGS1987 (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsbacterial microcompartments (BMC) superfamily
データ登録者Thompson, M.C. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: An allosteric model for control of pore opening by substrate binding in the EutL microcompartment shell protein.
著者: Thompson, M.C. / Cascio, D. / Leibly, D.J. / Yeates, T.O.
履歴
登録2014年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein EutL
B: Ethanolamine utilization protein EutL
C: Ethanolamine utilization protein EutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,56311
ポリマ－71,1503
非ポリマー4128
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area23900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.960, 87.960, 251.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein EutL


分子量: 23716.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens E str. JGS1987 (ウェルシュ菌)
遺伝子: eutL, AC3_1081 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: B1BQ33, UniProt: Q8XLZ0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン


タイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES buffer, 5% PEG 8000, 8% ethylene glycol, crystals were soaked in 20mM ethanolamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→83.043 Å / Num. obs: 109437 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 1370706
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.740.7191.241.7966620795279501.322100
1.74-1.790.861.0332.6282870778677851.085100
1.79-1.840.9290.8323.87100197754475440.865100
1.84-1.90.9510.6425.0599295736473640.667100
1.9-1.960.9660.4876.5895642714671460.506100
1.96-2.030.9820.3578.5689717690769060.372100
2.03-2.110.9880.26710.9385584668866880.279100
2.11-2.190.9920.20813.8188262643364330.216100
2.19-2.290.9940.17116.1783698617561740.178100
2.29-2.40.9960.1418.6878509595459540.146100
2.4-2.530.9960.1220.8669534565656560.125100
2.53-2.690.9970.10125.6772839532953290.105100
2.69-2.870.9980.08728.7767547505450540.09100
2.87-3.10.9980.07532.0560714471847180.078100
3.1-3.40.9980.06534.352828437343720.068100
3.4-3.80.9990.05939.5951029396739670.061100
3.8-4.390.9990.05341.2743793354235410.056100
4.39-5.380.9990.04841.8635647302230200.0599.9
5.38-7.60.9990.04941.8230501240324030.051100
7.60.9990.0441.8415880143314330.042100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1525)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→83.043 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1623 5553 5.07 %
Rwork0.147 103869 -
obs0.1478 109422 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.79 Å2 / Biso mean: 31.0407 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→83.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4864 0 26 525 5415
Biso mean--26.62 40.43 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.247173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6791889
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.71940.31021800.258933783558
1.7194-1.73960.25261830.23434053588
1.7396-1.76080.22941820.215434333615
1.7608-1.78310.21621800.207633803560
1.7831-1.80660.21951840.186334243608
1.8066-1.83130.20031830.170334293612
1.8313-1.85750.19091810.159533913572
1.8575-1.88520.15911840.157434283612
1.8852-1.91470.17841820.166134203602
1.9147-1.94610.17731840.157934293613
1.9461-1.97960.17491820.149734033585
1.9796-2.01560.16311800.150534303610
2.0156-2.05440.17361780.142334233601
2.0544-2.09630.15851770.142734773654
2.0963-2.14190.16181930.144934073600
2.1419-2.19170.16471720.137734403612
2.1917-2.24650.14931860.132634453631
2.2465-2.30730.15821830.138134383621
2.3073-2.37520.141870.130734563643
2.3752-2.45190.16131780.136534553633
2.4519-2.53950.15281840.138134683652
2.5395-2.64120.15562110.134734373648
2.6412-2.76140.15971780.135834913669
2.7614-2.9070.15852000.143234563656
2.907-3.08910.17021670.144135023669
3.0891-3.32760.16951780.158235303708
3.3276-3.66250.17351870.149635453732
3.6625-4.19250.15472020.143135453747
4.1925-5.2820.11861950.122335863781
5.282-83.14240.17462120.164338184030
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54910.37360.16871.74290.25050.69130.0879-0.115-0.03610.2224-0.0753-0.07170.04080.0366-0.01680.2274-0.0394-0.02310.27010.01590.233-41.9084-3.86175.6046
20.89070.3685-0.04451.1357-0.61231.28630.0009-0.0481-0.0809-0.19360.02150.02140.2213-0.1097-0.02210.2406-0.0144-0.00940.1715-0.00630.2155-56.216-21.894-16.4027
30.91140.1670.87180.77680.12661.6501-0.05830.02470.1004-0.1585-0.05480.0136-0.21070.07670.12440.2458-0.0110.00870.19430.01050.2191-47.33217.3513-21.8703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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