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- PDB-4tky: The complex structure of E. coli DsbA bound to a peptide at the D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tky
タイトルThe complex structure of E. coli DsbA bound to a peptide at the DsbA/DsbB interface
要素
  • PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
  • Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE/PEPTIDE INHIBITOR / DsbA / DsbB / Dithiol oxidase / complex / DsbA/DsbB / peptide inhibitor / thioredoxin-related protein / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / AMINO GROUP / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Premkumar, L. / Martin, J.L.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL0992138 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Peptide Inhibitors of the Escherichia coli DsbA Oxidative Machinery Essential for Bacterial Virulence.
著者: Duprez, W. / Premkumar, L. / Halili, M.A. / Lindahl, F. / Reid, R.C. / Fairlie, D.P. / Martin, J.L.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
D: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
F: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
E: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
G: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
H: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,49616
ポリマ－88,2568
非ポリマー2408
水4,630257
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
E: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1244
ポリマ－22,0642
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
F: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1244
ポリマ－22,0642
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
3
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
H: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1244
ポリマ－22,0642
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
4
D: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
G: PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1244
ポリマ－22,0642
非ポリマー602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.959, 62.533, 67.260
Angle α, β, γ (deg.)99.55, 103.80, 114.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21324.141 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 20-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: タンパク質・ペプチド
PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER


分子量: 739.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物
ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium sulfate, BIS-TRIS, Pentaerythritol ethoxylate
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.8 Å / Num. obs: 28147 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk


解像度: 2.5→34.402 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 1433 5.09 %Random
Rwork0.1757 ---
obs0.1788 28138 97.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6098 0 16 257 6371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8738455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8422256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58570.36691340.26852492X-RAY DIFFRACTION92
2.5857-2.68920.31681580.24372677X-RAY DIFFRACTION98
2.6892-2.81160.31471520.22962632X-RAY DIFFRACTION98
2.8116-2.95970.28271470.22282671X-RAY DIFFRACTION98
2.9597-3.1450.32851210.22292739X-RAY DIFFRACTION98
3.145-3.38770.3061330.19572683X-RAY DIFFRACTION99
3.3877-3.72820.20731240.16462725X-RAY DIFFRACTION99
3.7282-4.26680.18081520.14562685X-RAY DIFFRACTION99
4.2668-5.37250.20061520.12682700X-RAY DIFFRACTION99
5.3725-34.4050.17031600.13512701X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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