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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tkk | ||||||
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タイトル | Sulfolobus solfataricus HJC mutants | ||||||
![]() | Holliday junction resolvase Hjc | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bond, C.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Unengineering: Reducing the Crystallisability of Sulfolobus solfataricus Hjc 著者: Middleton, C.L. / Parker, J.L. / Knott, G.J. / White, M.F. / Bond, C.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16023.789 Da / 分子数: 2 / 変異: S32A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7LXU0, crossover junction endodeoxyribonuclease #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: (26.6% v/v PEG 400, 5% glycerol, 0.19M calcium chloride and 0.095M HEPES pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103.15 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.86 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 18314 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 54.91 Å2 / Net I/σ(I): 22.7 |
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解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→16.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9153 / SU R Cruickshank DPI: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.207
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.328 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→16.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.54 Å / Total num. of bins used: 9
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