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万見
- PDB-4tjv: Crystal structure of protease-associated domain of Arabidopsis va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tjv
タイトルCrystal structure of protease-associated domain of Arabidopsis vacuolar sorting receptor 1
要素Vacuolar-sorting receptor 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ligand-binding domain / Beta barrel / Apo form
機能・相同性
機能・相同性情報


amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum ...amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Glucose Oxidase; domain 1 / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain ...Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Glucose Oxidase; domain 1 / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / EGF-like domain signature 2. / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Vacuolar-sorting receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Luo, F. / Fong, Y.H. / Jiang, L.W. / Wong, K.B.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
General Research Fund from the Research Grants Council of Hong Kong SAR476212 香港
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: How vacuolar sorting receptor proteins interact with their cargo proteins: crystal structures of apo and cargo-bound forms of the protease-associated domain from an Arabidopsis vacuolar sorting receptor.
著者: Luo, F. / Fong, Y.H. / Zeng, Y. / Shen, J. / Jiang, L. / Wong, K.B.
履歴
登録2014年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar-sorting receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5937
ポリマ－17,8311
非ポリマー7616
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.600, 62.680, 35.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar-sorting receptor 1 / AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP1 / ...AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP1 / Spot 3 protein


分子量: 17831.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-182 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VSR1, BP80B, ELP, ELP1, At3g52850, F8J2.20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93026
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% glycerol, 0.1 M MES pH 6.0, 30% PEG 600, 5% (w/v) PEG 1000.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→33.78 Å / Num. obs: 15984 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 74
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 19.1 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.651→33.78 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.84 / 位相誤差: 18.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1902 798 5.01 %
Rwork0.1662 --
obs0.1675 15966 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→33.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 6 137 1385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3521752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.56470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6512-1.70450.24791300.1982645X-RAY DIFFRACTION95
1.7045-1.76540.2271530.18092630X-RAY DIFFRACTION96
1.7654-1.8360.20221350.17422648X-RAY DIFFRACTION96
1.836-1.91960.24411570.16382683X-RAY DIFFRACTION97
1.9196-2.02080.2081460.15592701X-RAY DIFFRACTION97
2.0208-2.14740.17341550.15532711X-RAY DIFFRACTION98
2.1474-2.31310.18421250.1632742X-RAY DIFFRACTION98
2.3131-2.54590.21481180.1732758X-RAY DIFFRACTION99
2.5459-2.91410.19131400.18242739X-RAY DIFFRACTION99
2.9141-3.67070.18631470.16432781X-RAY DIFFRACTION100
3.6707-33.78590.16031640.15642755X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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