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- PDB-4s2y: Structure of E. coli RppH bound to RNA and three magnesium ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2y
タイトルStructure of E. coli RppH bound to RNA and three magnesium ions
要素
  • RNA (5'-R(*(APC)*GP*U)-3')
  • RNA pyrophosphohydrolase
キーワードhydrolase/RNA / Nudix hydrolase / RNA pyrophosphohydrolase / hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / RNA decapping / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / tRNA processing / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA pyrophosphohydrolase RppH / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...RNA pyrophosphohydrolase RppH / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA pyrophosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vasilyev, N. / Serganov, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of RNA Complexes with the Escherichia coli RNA Pyrophosphohydrolase RppH Unveil the Basis for Specific 5'-End-dependent mRNA Decay.
著者: Vasilyev, N. / Serganov, A.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA pyrophosphohydrolase
B: RNA (5'-R(*(APC)*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2647
ポリマ－20,0592
非ポリマー2045
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
2
A: RNA pyrophosphohydrolase
B: RNA (5'-R(*(APC)*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA pyrophosphohydrolase
B: RNA (5'-R(*(APC)*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,52814
ポリマ－40,1194
非ポリマー40910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.631, 36.484, 58.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA pyrophosphohydrolase / (Di)nucleoside polyphosphate hydrolase / Ap5A pyrophosphatase


分子量: 18965.773 Da / 分子数: 1 / 変異: Q159A, E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rppH, nudH, ygdP, b2830, JW2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A776, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*(APC)*GP*U)-3')


分子量: 1093.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Prepared by in vitro transcription

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非ポリマー , 4種, 124分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystal growth: 0.4 M ammonium sulfate, 12% PEG 3350, 10% glycerol. crystal soaking and cross-linking: 0.02 M sodium acetate pH 5.0, 0.2 sodium sulfate, 15% PEG 3350, 15% glycerol. crystal ...詳細: crystal growth: 0.4 M ammonium sulfate, 12% PEG 3350, 10% glycerol. crystal soaking and cross-linking: 0.02 M sodium acetate pH 5.0, 0.2 sodium sulfate, 15% PEG 3350, 15% glycerol. crystal soaking and cryoprotection: 0.05 M MOPS-Na pH 7.0, 0.025 M magnesium chloride, 15% PEG 3350, 25% pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 21164 / Num. obs: 21065 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique all: 3134 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4S2W

4s2w


解像度: 1.6→19.451 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 1054 5 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
all0.1735 21062 --
obs0.1735 21062 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1262 44 9 119 1434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0161949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.616534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6003-1.6730.30741200.26452283X-RAY DIFFRACTION90
1.673-1.76120.24071300.2182467X-RAY DIFFRACTION96
1.7612-1.87150.25611290.20232451X-RAY DIFFRACTION96
1.8715-2.01580.23921310.18372487X-RAY DIFFRACTION97
2.0158-2.21840.18851330.16582521X-RAY DIFFRACTION98
2.2184-2.53880.22221340.17632552X-RAY DIFFRACTION99
2.5388-3.19640.17371360.17262581X-RAY DIFFRACTION99
3.1964-19.45240.17561410.15082666X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60550.2860.07891.9732-0.32792.03010.0288-0.29740.01160.2763-0.0261-0.1129-0.18040.1570.02170.1773-0.0125-0.01240.1682-0.00740.140614.7568-0.409711.703
20.0027-0.00990.00540.044-0.02490.0146-0.0174-0.03230.05530.04160.0098-0.03090.0170.0209-0.00620.3091-0.0494-0.07540.4699-0.01110.251825.7226-0.970515.2259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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