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万見
- PDB-4s2u: Crystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2u
タイトルCrystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase from E. Coli
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / synthetase / ATP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / protein hexamerization / phosphate ion binding / ADP binding / kinase activity ...ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / protein hexamerization / phosphate ion binding / ADP binding / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like ...Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Muravieva, T.I. / Iaroslavtceva, A.K. / Stepanenko, V.N. / Zhukhlistova, N.E. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase from E. Coli
著者: Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Muravieva, T.I. / Iaroslavtceva, A.K. / Stepanenko, V.N. / Zhukhlistova, N.E. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3512
ポリマ－34,3261
非ポリマー241
水19811
1
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,10412
ポリマ－205,9586
非ポリマー1466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area26980 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area62980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.599, 104.599, 125.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / ...RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase


分子量: 34326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: prsA, prs / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G4PTS0, UniProt: P0A717*PLUS, ribose-phosphate diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-buffer pH 8.5, 0.3M NaCl, 2 mM MgCl2, 04% NaN3, 15% Ammonium Sulphate, COUNTER DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→30 Å / Num. obs: 10949 / % possible obs: 95.67 % / 冗長度: 12.22 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 15.192 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.064 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30433 521 4.8 %RANDOM
Rwork0.24974 ---
obs0.25237 10425 94.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.54 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2339 0 1 11 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9693213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83435362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2645307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44723.679106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37215405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3661525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 33 -
Rwork0.298 678 -
obs--85.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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