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- PDB-4s23: Structure of the GcpE-HMBPP complex from Thermus thermophilius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s23
タイトルStructure of the GcpE-HMBPP complex from Thermus thermophilius
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase activity (flavodoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H6P / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rekittke, I. / Warkentin, E. / Jomaa, H. / Ermler, E.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structure of the GcpE-HMBPP complex from Thermus thermophilius.
著者: Rekittke, I. / Warkentin, E. / Jomaa, H. / Ermler, U.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1808
ポリマ－88,5622
非ポリマー1,6186
水39,9212216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.250, 63.250, 372.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 44281.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: ispG, gcpE / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84GJ3, UniProt: Q5SLI8*PLUS, EC: 1.17.7.1
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP


分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O8P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.6 L enzyme solution, containing 5 mM HMBPP, and 0.6 L precipitant composed of 45% pentaerythritol propoxylate 426, 0.1 M MES pH 6.0, 0.4 M KCl, 0.1% NaN3 (JBScreen Pentaerythritol 1, C6, ...詳細: 0.6 L enzyme solution, containing 5 mM HMBPP, and 0.6 L precipitant composed of 45% pentaerythritol propoxylate 426, 0.1 M MES pH 6.0, 0.4 M KCl, 0.1% NaN3 (JBScreen Pentaerythritol 1, C6, Jena Bioscience) and 0.1 L; random microseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→62 Å / Num. all: 95074 / Num. obs: 95074 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 73.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GcpE-MEcPP, PDB entry 4g9p

4g9p


解像度: 1.65→19.946 Å / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.17 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 4903 5.17 %
Rwork0.1202 --
obs0.128 94899 94.43 %
all-94961 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6200 0 70 2216 8486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3248749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4212497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6503-1.67880.29891680.20983039X-RAY DIFFRACTION60
1.6788-1.70930.28581770.20393569X-RAY DIFFRACTION70
1.7093-1.74210.26832000.19613853X-RAY DIFFRACTION78
1.7421-1.77770.25032270.18824108X-RAY DIFFRACTION83
1.7777-1.81630.25662430.18434356X-RAY DIFFRACTION87
1.8163-1.85850.24312370.17264617X-RAY DIFFRACTION91
1.8585-1.90490.22542440.16454594X-RAY DIFFRACTION93
1.9049-1.95640.20252690.16114702X-RAY DIFFRACTION94
1.9564-2.01390.17842370.15164768X-RAY DIFFRACTION95
2.0139-2.07890.18712640.14754741X-RAY DIFFRACTION95
2.0789-2.15310.19162720.13924774X-RAY DIFFRACTION95
2.1531-2.23920.18162700.13494757X-RAY DIFFRACTION95
2.2392-2.34090.17622490.1284788X-RAY DIFFRACTION95
2.3409-2.46410.1652320.1254747X-RAY DIFFRACTION95
2.4641-2.61820.17582440.11754800X-RAY DIFFRACTION95
2.6182-2.81980.15352330.11094761X-RAY DIFFRACTION95
2.8198-3.10250.1542660.10224752X-RAY DIFFRACTION95
3.1025-3.54920.14172640.09454794X-RAY DIFFRACTION95
3.5492-4.46290.13692300.08784791X-RAY DIFFRACTION95
4.4629-19.63950.14392610.10134777X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30460.0044-0.00970.3626-0.17170.29430.00470.0533-0.0088-0.0476-0.00210.00340.01540.0278-0.00240.10560.0085-0.00110.1325-0.02160.023845.28091.166-15.4728
20.473-0.02480.13320.3895-0.00130.47160.0076-0.06220.01860.0396-0.00030.0079-0.01450.0044-0.00730.10410.00290.00250.1101-0.0170.019727.294411.852215.4046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and (resid 2 through 290 )) or (chain 'B' and (resid 291 through 406 ))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and (resid 291 through 406 )) or (chain 'B' and (resid 2 through 290 ))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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