PDB-4s1w: Structure of a putative Glutamine--Fructose-6-Phosphate Aminotran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s1w

タイトル

Structure of a putative Glutamine--Fructose-6-Phosphate Aminotransferase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

要素

Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing]

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / Essential Enzymes

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative Glutamine--Fructose-6-Phosphate Aminotransferase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
著者: Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s1w.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s1w.ent.gz	230 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s1w_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s1w_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	4s1w_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	4s1w_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nhx-d 6p9m-1 3il6-1 2wge-1 5w2q-1 6p9k-1 1khf-d 2puw-d 5v97-d 2qzy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc105705

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing]

B: Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing]

ヘテロ分子

79.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.245, 61.617, 104.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-867- HOH

#1: タンパク質	Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] / D-fructose-6-phosphate amidotransferase / GFAT / Glucosamine-6-phosphate synthase / Hexosephosphate ...D-fructose-6-phosphate amidotransferase / GFAT / Glucosamine-6-phosphate synthase / Hexosephosphate aminotransferase / L-glutamine--D-fructose-6-phosphate amidotransferase 分子量: 39425.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: glmS, BN965_3160, BN966_160, BN967_17410, BN968_17600, ER16_10920 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic 参照: UniProt: A0A060U032, UniProt: A0A0J9X200*PLUS, glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 25 % PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 79565 / Num. obs: 79565 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 40.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.981 / SU ML: 0.067 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19188	3965	5 %	RANDOM
R_work	0.15966	-	-	-
obs	0.16129	75317	97.08 %	-
all	-	75317	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	-0 Å²	2.03 Å²
2-	-	-0.75 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5235	0	14	542	5791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.973	7342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	12161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.125	5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.081	24.957	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.039	15	909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.762	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.601	2.248	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.6	2.247	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.108	3.362	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.108	3.363	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.78	2.606	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.779	2.606	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.084	3.774	3904
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.526	20.159	6514
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.526	20.165	6515
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	261	-
R_work	0.205	5375	-
obs	-	-	93.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5306	0.0609	-0.2822	0.2775	0.0452	0.7338	0.0394	0.0402	0.0846	0.0295	-0.0074	0.07	-0.068	-0.071	-0.0321	0.0407	0.0053	-0.0118	0.0593	-0.0077	0.0493	20.1352	58.6132	37.7144
2	1.7212	0.18	-0.0045	0.6967	-0.2469	2.3698	0.1129	-0.2084	0.1825	0.0805	-0.0978	0.0082	-0.2287	0.1308	-0.0151	0.0699	-0.0097	-0.0147	0.0526	-0.0342	0.0425	29.0427	66.5699	41.2516
3	0.3481	0.0374	-0.2869	0.479	0.0675	1.0125	0.0167	-0.035	0.0483	0.0735	0.0167	0.0908	-0.0644	-0.1109	-0.0334	0.0597	-0.0019	-0.0144	0.0733	-0.0106	0.0593	19.4259	57.3841	42.5693
4	1.5598	-1.6855	0.328	8.048	-1.3061	1.9304	-0.0804	-0.0054	0.0863	-0.1961	0.1418	0.2648	-0.1173	-0.1803	-0.0614	0.0355	-0.0139	-0.0183	0.0969	-0.0054	0.0471	6.1121	53.1054	36.0983
5	1.0666	-0.4161	-0.2769	1.1269	-0.6317	1.6345	-0.0855	0.1197	-0.1288	-0.1744	-0.0106	0.0677	0.3184	-0.0812	0.0961	0.1388	-0.0481	-0.0178	0.0774	-0.0335	0.0597	21.7608	38.8735	26.1321
6	1.7056	-1.137	-0.604	3.8699	0.192	0.748	0.0582	0.2884	0.0352	-0.1488	-0.0571	0.0469	-0.0298	-0.0239	-0.0011	0.0261	-0.0131	-0.0165	0.0892	0.0232	0.0139	47.2685	61.4566	0.9941
7	1.6974	0.6268	-0.5519	0.7255	0.029	1.4548	0.0294	0.2172	0.1491	-0.0656	0.0622	0.0659	-0.1022	-0.1415	-0.0916	0.0759	0.007	-0.0426	0.0796	0.0397	0.0556	31.4731	63.7708	9.2668
8	1.9143	-0.2425	-0.9284	1.9369	-0.5135	1.3844	-0.045	-0.1023	-0.0536	0.0142	-0.0987	-0.1793	-0.0028	0.2788	0.1438	0.0266	0.0033	-0.025	0.1119	0.0076	0.0509	54.2698	55.1841	14.1524
9	1.7109	0.0205	-1.1139	1.7124	-0.5122	2.1217	-0.1257	-0.1969	-0.2674	0.0106	-0.055	-0.0761	0.1391	0.0563	0.1807	0.0404	0.0218	-0.0083	0.0886	0.0297	0.0714	41.495	48.331	24.0181
10	0.7554	0.4329	-0.5839	1.1456	-0.0697	1.7584	-0.0928	-0.1327	-0.1582	0.0736	-0.0342	-0.1443	0.0822	0.2556	0.127	0.0489	0.0266	-0.0223	0.1395	0.0271	0.0971	51.0975	50.7039	23.1776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	248 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	338 - 380
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	381 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	420 - 443
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	444 - 585
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	246 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	287 - 421
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	424 - 462
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	463 - 504
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	505 - 590

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)