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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s1v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphoglycerate oxidoreductase from Vibrio Cholerae o395 | ||||||
![]() | D-3-phosphoglycerate dehydrogenase-related protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ROSSMAN FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tarique, K.F. / Rehman, S.A.A. / Devi, S. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Phosphoglycerate Oxidoreductase from Vibrio Cholerae O395 著者: Tarique, K.F. / Rehman, S.A.A. / Devi, S. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3gg9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36618.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A5F016, UniProt: A0A0H2UKZ7*PLUS, phosphoglycerate dehydrogenase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 10% PEG 3350, 10% ISOPROPANOL (V/V), 0.3M LICL, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 70407 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 15.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 92.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3GG9 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.968 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.48 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.266 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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