PDB-4s13: Ferulic Acid Decarboxylase (FDC1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s13

タイトル

Ferulic Acid Decarboxylase (FDC1)

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LYASE / Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

ferulate catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.348 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Bhuiya, M.W. / Yu, O. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Mechanism of Ferulic Acid Decarboxylase (FDC1) from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Bhuiya, M.W. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Yu, O.

履歴

登録	2015年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4s13_validation.pdf.gz	513.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s13_full_validation.pdf.gz	558.3 KB	表示
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CIF形式データ	4s13_validation.cif.gz	196.9 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	6evf-2 6eve-2 6eve-3 4zac-2 6eva-1 6eve-1 5o3n-d 6ev8-1 4zac-1 4zad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Ferulic acid decarboxylase 1

B: Ferulic acid decarboxylase 1

C: Ferulic acid decarboxylase 1

D: Ferulic acid decarboxylase 1

E: Ferulic acid decarboxylase 1

F: Ferulic acid decarboxylase 1

G: Ferulic acid decarboxylase 1

H: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

450 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ferulic acid decarboxylase 1

C: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ferulic acid decarboxylase 1

E: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

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113 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Ferulic acid decarboxylase 1

F: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Ferulic acid decarboxylase 1

H: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	251.963, 120.995, 159.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 分子量: 56231.676 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FDC1, YDR539W, D3703.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q03034, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-4VP / 4-ethenylphenol / 4-ビニルフェノ-ル分子量: 120.149 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5; 10% PEG 6000; and 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.348→50 Å / Num. obs: 162530 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.39	3.2	0.492	1	69.3
2.39-2.43	3.2	0.454	1	79.2
2.43-2.48	3.2	0.387	1	93.7
2.48-2.53	3.4	0.358	1	97.2
2.53-2.59	3.7	0.327	1	97.5
2.59-2.65	3.9	0.301	1	98.4
2.65-2.71	3.9	0.263	1	98.6
2.71-2.79	3.9	0.231	1	98.6
2.79-2.87	3.9	0.214	1	98.7
2.87-2.96	3.9	0.191	1	98.8
2.96-3.07	3.9	0.166	1	98.8
3.07-3.19	3.8	0.144	1	98.9
3.19-3.33	3.8	0.128	1	98.9
3.33-3.51	3.8	0.113	1	99.1
3.51-3.73	3.7	0.099	1	99.1
3.73-4.02	3.7	0.089	1	99.2
4.02-4.42	3.7	0.079	1	99.2
4.42-5.06	3.7	0.074	1	99.2
5.06-6.37	3.7	0.073	1	99.4
6.37-50	3.7	0.055	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.348→47.049 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	8142	5.02 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1727	162293	95.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.348→47.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30440	0	45	1189	31674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	31262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	42449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.334	11594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.348-2.3747	0.269	202	0.2257	3527	X-RAY DIFFRACTION	66
2.3747-2.4026	0.3065	192	0.2357	3930	X-RAY DIFFRACTION	74
2.4026-2.4319	0.3015	224	0.2349	4247	X-RAY DIFFRACTION	80
2.4319-2.4627	0.2892	255	0.2265	4911	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4627-2.4951	0.287	274	0.2195	5216	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4951-2.5293	0.2714	273	0.2128	5207	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5293-2.5654	0.2694	280	0.217	5178	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5654-2.6037	0.2711	287	0.2122	5197	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6037-2.6444	0.261	282	0.2105	5263	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6444-2.6877	0.2722	279	0.2052	5314	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6877-2.7341	0.2498	300	0.1922	5204	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7341-2.7838	0.238	302	0.1949	5228	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7838-2.8373	0.2673	294	0.1997	5279	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8373-2.8952	0.2728	289	0.1974	5286	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8952-2.9582	0.2694	287	0.1949	5273	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9582-3.027	0.2558	279	0.1929	5313	X-RAY DIFFRACTION	99
3.027-3.1027	0.2604	238	0.2	5294	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1027-3.1865	0.2411	290	0.1865	5303	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1865-3.2803	0.2132	261	0.187	5292	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2803-3.3861	0.2242	286	0.1836	5321	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3861-3.5071	0.2178	276	0.1674	5307	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5071-3.6475	0.1926	262	0.1628	5314	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6475-3.8134	0.2004	290	0.1559	5318	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8134-4.0144	0.1705	290	0.1441	5328	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0144-4.2657	0.1557	259	0.1292	5364	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2657-4.5948	0.1696	282	0.1243	5299	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5948-5.0567	0.1668	267	0.127	5368	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0567-5.7873	0.1733	259	0.1497	5412	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7873-7.287	0.2013	306	0.1631	5372	X-RAY DIFFRACTION	99
7.287-47.0582	0.188	277	0.1674	5286	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2504	-0.6759	0.0955	2.3652	0.3057	1.9538	-0.0327	-0.1457	-0.116	0.2093	0.0611	-0.2605	0.1484	0.021	-0.0394	0.2884	-0.0379	-0.007	0.1876	0.0214	0.3336	202.6512	-126.5399	119.665
2	1.4099	-0.1813	0.418	1.9548	-0.5507	2.1619	-0.0674	-0.0848	0.2648	0.3379	0.0065	-0.7584	-0.2588	0.4446	0.0267	0.4183	-0.0448	-0.1072	0.34	-0.0161	0.6395	215.359	-119.8814	121.001
3	1.3319	-0.6514	-0.0642	1.514	-0.2084	0.9936	-0.0441	-0.1887	0.094	0.0584	-0.0114	-0.0992	-0.2879	0.0398	0.0487	0.4322	-0.0263	-0.0072	0.2738	-0.0178	0.2528	195.7959	-100.4504	109.4518
4	3.1328	0.7253	1.3683	0.9164	0.1493	1.4057	0.0584	-0.4267	-0.0805	0.1626	-0.0097	0.0653	0.0085	-0.5475	-0.0569	0.5221	-0.0293	-0.0214	0.4378	0.0012	0.2597	175.8762	-103.261	105.6187
5	1.5215	-0.8267	0.1755	1.4777	-0.2953	2.2692	0.0383	-0.0638	-0.104	-0.0133	-0.0108	-0.0759	0.3297	0.2005	-0.0312	0.3719	-0.0022	0.0115	0.2499	0.0274	0.2998	202.4837	-65.1331	120.623
6	5.6717	2.572	4.1917	3.8252	0.8098	5.2461	-0.0596	-0.4551	0.9104	0.1146	-0.5732	-0.3855	-0.7249	0.3039	0.5758	0.4279	-0.0541	-0.0171	0.5286	0.0186	0.5403	217.2572	-53.6261	123.3824
7	1.6683	-0.422	0.4203	0.992	-0.8237	3.7351	0.0348	-0.1731	0.2558	0.0089	-0.0768	-0.279	-0.1598	0.6139	0.0259	0.3716	-0.0301	0.016	0.4036	-0.0202	0.3995	212.8549	-56.954	123.9626
8	1.6488	-0.4249	0.0196	1.3687	-0.1963	0.8977	-0.0437	-0.097	0.1357	-0.0452	0.0296	-0.13	-0.1513	0.083	0.0102	0.3214	-0.0501	0.0174	0.2591	0.0044	0.2745	193.1758	-38.5757	110.1192
9	2.7281	2.9774	1.3536	8.5987	1.2869	2.7625	0.2613	-0.4817	-0.2896	0.5125	-0.042	-0.1028	0.2303	-0.3191	-0.2304	0.2928	-0.0016	-0.0321	0.3671	0.078	0.2934	166.4246	-50.9977	105.3459
10	2.2889	-0.549	0.5254	1.3255	0.2655	1.1701	0.1902	0.1536	-0.2685	-0.0412	-0.0827	0.0945	0.1646	-0.1905	-0.0739	0.3817	-0.0152	-0.0387	0.375	-0.0437	0.2918	164.1197	-111.0115	83.571
11	1.5649	-0.1133	0.3566	0.6566	0.5702	1.0172	0.1913	0.2951	0.3261	0.0012	-0.3141	-0.1039	-0.6355	0.3481	0.019	0.5781	0.0129	-0	0.6449	0.0778	0.3598	167.2264	-91.3316	73.3324
12	3.5703	-0.7189	-0.1297	1.193	-0.0507	1.56	0.1408	0.3717	-0.0487	-0.1086	-0.0648	-0.0427	-0.389	0.2103	-0.0416	0.4808	0.0358	-0.0646	0.5716	-0.065	0.2771	166.8112	-107.9004	70.6599
13	2.7085	-0.3712	0.6642	0.3484	-0.0458	0.8223	0.0519	0.1335	0.1334	0.0206	-0.0364	-0.0166	-0.0702	-0.1767	0.0477	0.4654	0.0042	-0.0515	0.4011	-0.0376	0.3089	168.2794	-100.4584	84.622
14	3.2444	-0.8286	-0.3812	1.6385	0.4327	1.4193	0.0124	0.3926	0.1931	-0.3713	-0.0776	-0.1818	-0.3559	-0.0336	0.0371	0.5211	-0.0392	-0.0036	0.3039	0.0116	0.2439	194.4011	-101.8172	87.469
15	3.3468	2.711	-1.2684	6.3086	-2.8078	4.2137	-0.3257	0.4785	-0.4012	-0.7329	0.236	-0.4661	0.3728	-0.286	0.1287	0.387	-0.0142	0.0432	0.2776	-0.0642	0.3317	201.3332	-129.1121	97.9051
16	1.446	0.7082	0.3107	1.2267	0.0239	1.3059	0.0458	0.2352	-0.2533	-0.2084	0.0497	-0.0709	0.1788	0.1856	-0.1009	0.3329	0.091	-0.0454	0.2997	-0.1028	0.3419	200.9091	-95.3495	149.8589
17	1.3683	0.0715	0.4249	0.6497	0.5087	3.9038	0.0341	0.2633	0.0855	-0.1029	-0.0016	0.2232	-0.3868	-0.4544	-0.0407	0.368	0.0779	-0.0827	0.356	-0.0343	0.4248	183.2318	-90.4578	148.0788
18	1.1657	-0.0606	0.05	0.9401	0.28	1.2024	-0.0423	0.1595	0.1266	-0.0957	0.0509	-0.0054	-0.1544	0.07	-0.0099	0.2881	0.0129	0.0044	0.2196	-0.0169	0.2267	208.0692	-71.2136	162.2297
19	2.1333	-0.4437	0.3411	0.9954	0.1261	1.6909	0.2007	0.243	-0.2843	-0.1565	-0.059	-0.0536	0.1856	-0.133	-0.1028	0.3464	-0.0333	-0.0421	0.2793	-0.0303	0.3179	165.64	-56.7445	84.2621
20	2.1943	-0.3975	-0.0385	1.6318	0.1552	3.513	0.0255	0.3934	0.1763	-0.2523	-0.0324	-0.1957	-0.3938	0.1306	-0.0404	0.3931	0.0169	0.0045	0.3973	0.0076	0.2643	165.0175	-42.7188	72.8685
21	1.6071	0.1437	0.6324	-0.2516	-0.3683	0.7955	0.067	0.2847	-0.0092	-0.1414	-0.0233	-0.0033	-0.0077	-0.0335	-0.0486	0.4177	0.0124	-0.0117	0.3079	-0.0215	0.3029	173.2272	-44.2485	84.5399
22	2.2672	-0.9445	-0.0032	1.6022	0.3553	1.3011	0.0814	0.357	0.3219	-0.3214	-0.1467	-0.2379	-0.1255	0.1821	0.037	0.4288	-0.0505	0.0611	0.3402	0.0604	0.2815	194.081	-38.8753	88.9969
23	1.5797	0.5206	-0.1916	2.8246	-1.2079	2.562	-0.0154	0.2395	-0.1933	-0.6485	0.1161	-0.2592	0.7048	0.1316	0.0161	0.5874	0.0673	0.0342	0.3917	-0.043	0.3371	203.2104	-66.8405	98.8608
24	1.37	0.1999	-0.6439	1.9532	-0.0743	1.6386	-0.0398	-0.3838	-0.1166	0.2867	0.1229	-0.4524	0.389	0.7327	0.1511	0.4348	0.1723	-0.1289	0.63	-0.0872	0.4394	232.8566	-85.8053	185.7635
25	0.3421	0.3581	0.3046	1.4923	0.4195	2.2336	0.103	-0.4154	0.1496	0.535	0.081	-0.1874	-0.1439	0.4708	-0.0059	0.5432	0.0305	-0.071	0.7576	-0.1514	0.4855	232.9956	-69.7758	193.636
26	1.428	0.4394	0.6209	1.3251	0.323	1.3015	0.0572	-0.2086	-0.0174	0.2372	-0.0089	0.0294	0.0367	0.0136	-0.0097	0.3268	0.0612	-0.0105	0.268	-0.0153	0.2457	205.3521	-78.4693	181.7179
27	2.3215	-0.2749	0.319	1.7833	-0.436	3.7897	0.0041	-0.0428	-0.384	-0.0816	0.1274	0.3499	0.5549	-0.5694	-0.153	0.4605	-0.1424	-0.0066	0.3391	0.0277	0.4154	225.5899	-89.101	91.3389
28	3.1023	-0.5688	0.4884	2.1684	-0.1456	4.2488	0.1377	0.4112	-0.0712	-0.2423	0.1189	0.2557	0.066	-0.2631	-0.2774	0.4406	-0.1177	0.0066	0.3087	0.0363	0.3693	229.1577	-82.8382	80.7208
29	2.9549	-0.6766	0.9355	2.8412	0.2825	5.0836	0.0186	0.6201	0.3655	-0.5717	0.1708	0.2182	-0.6707	-0.1717	-0.2165	0.5862	-0.0908	-0.031	0.4868	0.1207	0.4271	225.3797	-74.3681	74.9585
30	2.798	0.1277	1.3714	1.5661	-0.9896	3.4136	-0.0691	0.3666	0.3319	0.0449	0.0783	0.2167	-0.5716	-0.2624	-0.0426	0.5176	-0.0324	0.0038	0.3672	0.0422	0.3748	229.6128	-72.5879	85.6666
31	1.6869	0.4731	0.6499	1.3476	-0.5376	3.3281	-0.2457	0.7553	0.3522	-0.0861	-0.4965	-0.4015	-0.7183	1.1201	0.3122	0.617	-0.2837	-0.083	0.7763	0.2957	0.4567	255.8908	-70.3593	88.4203
32	2.458	-0.4344	-0.6904	3.0799	-1.7955	3.458	0.2608	1.6584	-0.3031	-0.5242	0.0077	-0.1354	0.1878	0.558	0.0732	0.5867	0.1477	-0.0555	1.1191	-0.0904	0.3763	265.781	-97.2868	97.9643
33	3.2703	-1.3381	1.3631	0.9925	-0.4856	2.0732	0.0961	0.2302	-0.2969	-0.0081	-0.0536	0.1007	-0.0193	0.1573	-0.0281	0.308	-0.0235	0.0427	0.2424	0.0062	0.2941	264.5847	-95.744	121.0733
34	4.3899	-0.2461	0.3203	1.2286	-0.5374	2.9666	0.005	0.6559	0.7008	0.0646	-0.0003	-0.267	-0.6658	0.5514	0.0466	0.4565	-0.0913	0.0118	0.5185	0.083	0.4231	279.1862	-86.8759	120.1822
35	1.7384	-0.9759	2.2982	1.3509	-1.5504	3.2881	-0.583	0.3417	0.4594	0.4775	-0.1321	-0.2454	-1.0643	0.3863	0.2055	0.7772	-0.185	-0.1226	0.2733	0.0659	0.3965	252.579	-72.3632	109.938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 161 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 162 through 316 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 317 through 453 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 454 through 503 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 154 through 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 210 through 316 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 317 through 470 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 471 through 503 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3 through 186 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 187 through 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 217 through 265 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 266 through 345 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 346 through 470 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 471 through 503 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 118 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 119 through 316 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 317 through 503 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 3 through 153 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 154 through 265 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 266 through 368 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 369 through 470 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 471 through 503 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 3 through 148 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 149 through 308 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 309 through 503 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 4 through 75 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 76 through 153 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 154 through 265 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 266 through 344 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 345 through 470 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 471 through 503 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 4 through 133 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 134 through 308 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 309 through 503 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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