PDB-4s12: 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s12

タイトル

1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica.

要素

N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / N-acetylmuramic acid catabolic process / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / carbon-oxygen lyase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11 (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.55 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramic acid 6-phosphate Etherase from Yersinia enterocolitica.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

履歴

登録	2015年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s12.cif.gz	369.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s12.ent.gz	305.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s12_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s12_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	4s12_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	4s12_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lzjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lzj-1 7cvp-d 4lzj-2 4m0d-2 4m0d-1 4a2b-d 3luf-d 4xm5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP93912

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

B: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

C: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

ヘテロ分子

A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

C: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.287, 81.734, 58.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / MurNAc-6-P etherase / N-acetylmuramic acid 6-phosphate hydrolase / N-acetylmuramic acid 6-phosphate lyase 分子量: 31365.244 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11 (腸炎エルシニア) 株: DSM 13030 / CIP 106945 / Y11 / 遺伝子: murQ, Y11_42431 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: E7B2C4, UniProt: A0A0H2UKZ5*PLUS, N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.1 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME, Screen: JCSG+ (H7), 0.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月27日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 125532 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6249 / R_sym value: 0.505 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4LZJ

4lzj

解像度: 1.55→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.044
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17002	6306	5 %	RANDOM
R_work	0.14333	-	-	-
obs	0.14467	119206	99.9 %	-
all	-	119206	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.071 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	-0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6404	0	52	979	7435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	2.005	9853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.785	3	16605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.405	5	997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.302	24.043	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.098	15	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.985	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.054	1.082	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.055	1.082	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.647	1.616	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.647	1.616	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.841	1.374	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.841	1.374	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.846	1.966	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.215	10.947	9232
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.937	9.831	8688

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	481	-
R_work	0.2	8692	-
obs	-	8692	99.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.761	-9.2698	8.0763	24.2772	-10.5455	15.114	0.3971	0.5417	0.0521	-0.656	-0.3425	0.0713	-0.0697	0.5287	-0.0547	0.069	0.005	0.0055	0.0278	0.001	0.0016	-13.3882	13.9	-21.5512
2	0.4278	-0.0098	0.2326	0.3312	-0.0779	0.3985	-0.0107	0.0419	-0.0109	-0.007	0.0245	-0.0099	0.0168	0.0468	-0.0138	0.0049	-0.0055	0.002	0.0525	-0.0019	0.0042	0.4732	17.3448	-6.6281
3	1.9222	0.324	-0.1691	1.2602	-0.5513	0.9276	-0.0144	0.1458	0.0393	-0.1214	-0.0195	-0.0287	-0.0193	0.1047	0.0339	0.0343	-0.0147	0.0106	0.0906	0.0099	0.0099	4.1917	23.9807	-19.1872
4	0.7084	0.2822	0.5606	0.2695	0.1179	0.5412	-0.0212	0.153	-0.0522	0.0006	0.0674	-0.0506	-0.0079	0.1039	-0.0462	0.0361	0.0075	0.0004	0.0856	-0.0281	0.0709	19.8094	18.1167	3.1256
5	0.8311	-0.1749	0.3488	0.2185	-0.1115	0.7257	0.0291	-0.042	-0.0476	-0.0175	-0.0143	-0.002	-0.012	-0.0561	-0.0148	0.0539	0.0126	0.0054	0.0106	0.0039	0.0395	43.3336	-5.3189	22.9014
6	1.7421	-0.518	0.8767	1.0732	-0.7026	2.1453	-0.109	-0.267	0.0724	0.2163	0.0981	-0.0122	-0.3317	-0.2241	0.0108	0.0923	0.054	0.0045	0.0679	-0.0064	0.0092	31.287	2.9608	30.6296
7	0.4215	-0.1637	0.3954	0.2879	0.0361	1.0226	0.0285	0.0024	-0.0947	-0.0243	-0.014	-0.0166	-0.0319	-0.0649	-0.0145	0.073	0.0082	-0.0043	0.0497	-0.0028	0.0661	39.2622	-6.7031	17.138
8	2.0992	0.1039	-0.5904	1.2703	-0.7929	3.9606	0.0998	0.1585	0.0966	-0.0749	0.0577	0.0779	-0.1815	-0.0339	-0.1576	0.0815	0.0387	0.0128	0.0698	-0.0225	0.0523	29.527	-6.4856	-8.9569
9	1.6053	0.3761	0.7455	0.4832	0.031	0.8884	0.0878	0.0738	-0.1426	-0.0309	-0.0548	-0.0193	0.0914	0.0626	-0.033	0.0683	0.0307	0.0096	0.0273	-0.0192	0.0653	50.9337	-12.2668	12.6506
10	0.2299	0.2412	0.0934	0.7684	-0.2409	1.3718	-0.0276	0.07	0.0737	0.0043	0.0217	0.0076	-0.1941	0.0272	0.0059	0.0658	0.0015	-0.0062	0.0294	0.0302	0.0711	57.802	9.9257	12.6303
11	0.4574	-0.0502	0.027	0.4379	-0.0195	0.8214	-0.0106	0.0473	0.0092	-0.0279	-0.0425	-0.0582	-0.0806	0.0875	0.0531	0.0449	0.0062	0.0006	0.0215	0.012	0.0508	58.9725	-1.3353	18.5614
12	4.0869	0.2563	-0.3032	1.8897	-0.1666	2.6177	0.0248	-0.4116	0.6777	0.0138	-0.074	-0.117	-0.5108	0.0411	0.0493	0.1091	-0.007	-0.0239	0.0508	-0.0637	0.141	66.1293	3.7875	47.2349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	121 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	175 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	4 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	102 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	175 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	231 - 295
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	8 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	60 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	156 - 232
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	233 - 295

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)