PDB-4rtb: X-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydG from Carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rtb

タイトル

X-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydG from Carboxydothermus hydrogenoformans

要素

HydG protein

キーワード

LYASE / RADICAL SAM ENZYME / CO/CN SYNTHASE / FEFE-HYDROGENASE MATURASE

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AND SAD / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Nicolet, Y. / Pagnier, A. / Zeppieri, L. / Martin, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of HydG from Carboxydothermus hydrogenoformans: A Trifunctional [FeFe]-Hydrogenase Maturase.
著者: Nicolet, Y. / Pagnier, A. / Zeppieri, L. / Martin, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2014年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rtb.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rtb.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rtb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rtb_validation.pdf.gz	810.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rtb_full_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示
XML形式データ	4rtb_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	4rtb_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/4rtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/4rtb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zb8-3 3p6v-d 5du9-1 5zb8-4 4ysv-d 2ogs-d 5zb8-1 3zqi-d 3udt-2 4lv7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HydG protein

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: HydG protein

ヘテロ分子

A: HydG protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.230, 92.230, 167.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	HydG protein 分子量: 54719.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア) 株: Z-2901 / DSM 6008 / 遺伝子: CHY_1549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ABV3
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: Ammonium Sulfate 1M, HEPES 100 mM pH 7.5, 0.5% PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.7428
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射	モノクロメーター: SI(000) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7428 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.789→47.784 Å / Num. obs: 34198 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AND SAD
開始モデル: 1R30

1r30

解像度: 2.79→47.78 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 32.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1688	4.96 %
R_work	0.223	-	-
obs	0.225	34046	99 %
all	-	34426	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→47.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	40	3	3367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.915	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7887-2.8707	0.5092	121	0.4263	2482	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8707-2.9633	0.3781	136	0.3629	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9633-3.0692	0.3454	138	0.325	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0692-3.1921	0.3291	143	0.3081	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1921-3.3373	0.2647	146	0.2745	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3373-3.5132	0.2736	144	0.2614	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5132-3.7333	0.2678	147	0.2326	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7333-4.0214	0.2694	142	0.2156	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0214-4.4258	0.2153	141	0.1935	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4258-5.0656	0.2245	137	0.1726	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0656-6.3798	0.2179	147	0.2181	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3798-47.791	0.2332	146	0.1814	2725	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6794	0.7628	0.8939	1.7436	0.8726	2.4231	-0.5207	0.2191	-0.4522	-0.2075	0.213	0.396	0.3036	-0.1326	-0.467	1.0034	-0.1766	0.0274	0.9175	0.0604	0.892	25.6071	-10.3539	14.4003
2	0.245	0.2025	0.1472	0.16	0.033	0.0601	-0.0614	0.3474	-0.0486	-0.6584	0.078	-0.0892	0.1921	-0.7318	-0.0001	1.1799	-0.2531	-0.117	0.7713	-0.0069	0.7793	28.06	-2.6599	-3.7008
3	0.3135	0.3178	-0.1439	1.0565	-0.7632	1.0585	0.049	-0.2704	0.0039	0.1969	-0.0126	0.0117	-0.0769	0.4108	0.0047	0.7227	-0.0145	0.0054	0.9129	0.0212	0.6328	45.4174	14.2923	22.8301
4	1.3884	0.7237	0.7221	1.5644	-0.0232	1.1276	-0.1093	-0.1946	-0.235	-0.2205	0.1768	0.1388	0.4703	-0.1201	-0.0037	0.8134	0.0335	0.0216	0.7064	0.0678	0.6555	37.2478	1.3461	13.6549
5	6.4098	2.3318	0.6823	3.9355	2.5203	1.9966	-0.0163	-0.5715	-0.8643	0.3377	0.4066	-0.453	0.2742	0.5832	0.5757	0.6536	-0.0558	0.0203	0.903	0.0103	0.6085	53.6241	11.715	12.2678
6	4.7708	0.6051	2.2385	1.6874	0.3073	1.2672	0.102	-1.0399	0.4626	-0.1692	-0.2889	0.0971	-0.081	-0.277	-0.2005	0.648	-0.0556	0.0975	0.6068	-0.0167	0.6936	43.5395	24.1676	1.1433
7	0.2231	-0.2779	-0.0141	0.2962	0.0634	0.1937	0.7186	0.5781	0.0279	-1.2982	-0.46	0.1392	-0.4409	0.1685	-0.0008	1.0282	0.0143	0.0778	1.0274	-0.0013	0.9422	40.288	31.5842	-7.5681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 319 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 320 through 354 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 355 through 417 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 418 through 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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