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万見
- PDB-4rt4: Crystal structure of Dpy30 complexed with Bre2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rt4
タイトルCrystal structure of Dpy30 complexed with Bre2
要素
  • Peptide from COMPASS component BRE2
  • Protein dpy-30 homolog
キーワードPROTEIN BINDING / X-type helix / H3K4 methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / PKMTs methylate histone lysines / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / endosomal transport / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / subtelomeric heterochromatin formation ...Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / PKMTs methylate histone lysines / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / endosomal transport / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / subtelomeric heterochromatin formation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / telomere maintenance / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / trans-Golgi network / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Sdc1/DPY30 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. ...: / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Sdc1/DPY30 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COMPASS component BRE2 / Protein dpy-30 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Zhang, H.M. / Li, M. / Chang, W.R.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Structural implications of Dpy30 oligomerization for MLL/SET1 COMPASS H3K4 trimethylation
著者: Zhang, H. / Li, M. / Gao, Y. / Jia, C. / Pan, X. / Cao, P. / Zhao, X. / Zhang, J. / Chang, W.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein dpy-30 homolog
B: Protein dpy-30 homolog
C: Protein dpy-30 homolog
D: Protein dpy-30 homolog
E: Peptide from COMPASS component BRE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8895
ポリマ－33,8895
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.229, 75.229, 105.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Protein dpy-30 homolog / Dpy-30-like protein / Dpy-30L


分子量: 7581.706 Da / 分子数: 4 / 断片: C terminal domain, UNP residues 41-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPY30 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9C005
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from COMPASS component BRE2 / Brefeldin-A sensitivity protein 2 / Complex proteins associated with SET1 protein BRE2 / Set1C component BRE2


分子量: 3561.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: UniProt: P43132
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 2.0M NH4H2PO4, EVAPORATION, temperature 291K
PH範囲: PH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→50 Å / Num. all: 23040 / Num. obs: 23016 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.0511.30.3962.40.9231100
2.05-2.111.40.813.30.671100
2.1-2.1511.40.694.40.521100
2.15-2.2211.40.396.90.31100
2.22-2.2911.40.338.50.271100
2.29-2.3711.40.279.90.221100
2.37-2.4711.40.213.90.171100
2.47-2.5811.40.1923.50.151100
2.58-2.7111.40.1218.30.11100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G36

3g36


解像度: 1.997→35.44 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1179 5.13 %
Rwork0.18 --
obs0.1822 22964 99.77 %
all-23033 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 0 173 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0432698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.728773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9975-2.08840.26621560.24172714X-RAY DIFFRACTION100
2.0884-2.19850.2411200.20672723X-RAY DIFFRACTION100
2.1985-2.33620.21911590.20382691X-RAY DIFFRACTION100
2.3362-2.51650.23481680.18892710X-RAY DIFFRACTION100
2.5165-2.76970.2081470.18892739X-RAY DIFFRACTION100
2.7697-3.17030.22171520.17942717X-RAY DIFFRACTION100
3.1703-3.99330.18891390.16792735X-RAY DIFFRACTION100
3.9933-35.44530.24911380.17042756X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17582.7242-0.49628.72041.83028.82840.0110.1959-0.8636-0.3028-0.2629-0.78970.7040.10470.16420.37740.03670.09430.2575-0.00850.405412.7061-52.231814.5507
22.88490.29930.53812.3984-0.65863.0088-0.0034-0.31980.4950.2636-0.1847-0.2645-0.160.06690.16870.2605-0.0388-0.02290.2404-0.02190.291211.5845-33.459121.0561
38.1556-1.9814-1.472.75340.10537.2456-0.2534-0.23721.08650.4860.06210.2612-0.3238-0.63650.10820.30490.0544-0.00750.3256-0.08730.3946-1.5726-28.688815.3795
43.0583-1.7387-0.07833.6209-0.96331.7686-0.09810.41850.0397-0.2837-0.1694-0.5090.31060.1170.20740.22650.00610.03570.3018-0.00060.304212.4002-42.50138.5783
54.2001-0.56651.46364.5789-2.45225.564-0.14770.54330.1512-0.08010.15160.0033-0.27340.0483-0.00890.2286-0.03760.02890.31380.0340.338715.6489-34.11548.9556
66.01550.1474-0.32093.77130.26054.1037-0.0321-0.19370.01230.1414-0.1280.2044-0.2599-0.21220.16330.31040.0274-0.04070.2373-0.03010.1537-3.2798-47.797135.7542
73.634-1.2415-2.19563.26980.71476.2107-0.1393-0.0485-0.22130.17390.13280.36940.356-0.3578-0.01990.3141-0.00490.00910.25010.0050.285-2.297-56.897439.2979
86.72120.68-0.11013.87080.73194.1898-0.20260.1493-0.02-0.15920.0374-0.1939-0.29210.24050.0960.279-0.0115-0.04510.18770.04360.16093.2622-47.769429.319
94.43121.8953-3.02333.3973-1.08166.3205-0.26030.0739-0.4874-0.213-0.0995-0.38180.35330.17310.25130.31310.00590.01280.23710.00160.25922.243-56.892125.8221
105.03480.05330.15943.1357-2.28923.63320.20880.5303-0.20150.3242-0.49970.6869-0.1601-1.38320.14690.5146-0.0899-0.11740.55660.25910.69380.2947-43.1615.6554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 47 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 47 through 61 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 62 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 80 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 47 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 80 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 47 through 79 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 80 through 98 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 480 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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