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- PDB-4rod: Human TFIIB-related factor 2 (Brf2) and TBP bound to TRNAU1 promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rod
タイトルHuman TFIIB-related factor 2 (Brf2) and TBP bound to TRNAU1 promoter
要素
  • Non-template strand
  • TATA-box-binding protein
  • Template strand
  • Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter ...transcription preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / male germ cell nucleus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / mRNA transcription by RNA polymerase II / euchromatin / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / cellular response to oxidative stress / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / TATA-Binding Protein / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic ...: / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / TATA-Binding Protein / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Cyclin A; domain 1 / TBP domain superfamily / Cyclin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Vannini, A. / Gouge, J. / Satia, K. / Guthertz, N.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Redox Signaling by the RNA Polymerase III TFIIB-Related Factor Brf2.
著者: Gouge, J. / Satia, K. / Guthertz, N. / Widya, M. / Thompson, A.J. / Cousin, P. / Dergai, O. / Hernandez, N. / Vannini, A.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
B: TATA-box-binding protein
N: Template strand
T: Non-template strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0124
ポリマ－78,0124
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.040, 91.377, 102.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / TFIIIB50 / hTFIIIB50 / B-related factor 2 / BRF-2 / hBRFU


分子量: 40203.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRF2, BRFU, PRO1470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAW0
#2: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 20597.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226
#3: DNA鎖 Template strand


分子量: 8618.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Non-template strand


分子量: 8592.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 10-20% PEG 3350, 50-100 mM MgCl2, 2 mM DTT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月16日
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 20256 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 91.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 2.212 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 2947 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA(Generic Data Acquisition)データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9411 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The density between the residues 365 and 374 is very poor, the linker has been built with 0 occupancy
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1039 5.14 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2028 20221 98.38 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4667 Å20 Å20 Å2
2--0.8781 Å20 Å2
3---0.5885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.481 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 1122 0 127 5047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2116SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes613HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5128HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion670SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5341SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 147 5 %
Rwork0.2348 2793 -
all0.236 2940 -
obs--98.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.31550.3333-0.60596.4674-1.68035.08990.2168-0.06980.44410.3253-0.13770.5442-0.2788-0.5442-0.0792-0.19120.02740.152-0.2579-0.0270.0641-1.146-0.8257-4.5822
21.5519-0.29011.38152.1651-0.43913.80450.14560.09530.13730.0676-0.0188-0.39540.01230.4802-0.1269-0.17680.0161-0.0201-0.13590.05140.132828.5397-17.0546-6.1594
30.2198-0.14010.1691.43390.37570.15280.0048-0.0924-0.019-0.0246-0.0155-0.0462-0.01340.07670.01070.1156-0.0383-0.11410.15850.09050.101610.6347-22.8418-43.4222
41.2396-2.91042.78320-2.91045.8234-0.00710.1538-0.0294-0.1113-0.00390.0824-0.0203-0.06030.0110.21150.1033-0.152-0.3002-0.0934-0.0301-12.9083-30.2769-49.2416
51.74722.4327-0.63120.7777-1.59520.2804-0.0233-0.096-0.05860.14250.02810.02890.02670.0065-0.00480.03150.0650.0351-0.0389-0.1520.0643-24.2561-42.8384-34.291
63.67151.82211.76052.31661.32261.9319-0.31640.4360.37-0.54420.08860.3085-0.26480.21320.22780.04530.1168-0.0577-0.23990.08150.009-2.0318-14.0505-35.1903
74.59981.73012.59553.105-0.78080.09120.0258-0.02530.1676-0.05430.1622-0.0882-0.21660.3797-0.18810.27820.152-0.152-0.10460.152-0.165218.6101-35.3604-8.9225
85.77691.39661.83918.2227-2.91048.31550.04060.0413-0.54420.3559-0.07960.09370.5442-0.03890.039-0.10960.152-0.152-0.20680.1520.10534.1922-22.0331-21.5459
95.4839-2.869-2.91044.69882.78647.7606-0.0445-0.14020.54420.54420.28060.5442-0.0985-0.5442-0.2362-0.030.1520.152-0.2179-0.1520.304-21.1029-5.4972-18.5208
102.90112.5444-2.0754.1949-0.785400.0246-0.037-0.0602-0.00850.052-0.0670.2014-0.0915-0.0766-0.11060.1520.1520.1257-0.152-0.1567-32.5239-1.3188-10.503
110.754-0.502-2.91040.35311.49728.31550.0755-0.30870.54290.5442-0.20780.1807-0.5442-0.14350.1323-0.05110.1520.152-0.1947-0.1520.2999-14.073-11.2843-21.9059
122.5737-1.60041.25896.5553-1.66696.60140.15070.2724-0.54420.54420.1255-0.04870.54420.5342-0.2762-0.04210.152-0.1336-0.25270.1520.127610.7595-28.8272-17.4937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|66 - A|167 }A66 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|168 - A|366 }A168 - 366
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|367 - A|378 }A367 - 378
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|379 - A|395 }A379 - 395
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|396 - A|407 }A396 - 407
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|158 - B|334 }B158 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7{ N|2 - N|5 }N2 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8{ N|6 - N|14 }N6 - 14
9X-RAY DIFFRACTION9{ N|15 - N|28 }N15 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10{ T|1 - T|4 }T1 - 4
11X-RAY DIFFRACTION11{ T|5 - T|14 }T5 - 14
12X-RAY DIFFRACTION12{ T|15 - T|28 }T15 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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