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- PDB-4ro9: 2.0A resolution structure of SRPN2 (S358E) from Anopheles gambiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ro9
タイトル2.0A resolution structure of SRPN2 (S358E) from Anopheles gambiae
要素Serpin 2
キーワードHydrolase Inhibitor / serpin / serine protease inhibitor / insect immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of melanization defense response / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of protein processing / defense response to protozoan / negative regulation of proteolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease inhibitor 2 / Serine protease inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Zhang, X. / Meekins, D.A. / An, C. / Michel, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Inhibitory Effects of Hinge Loop Mutagenesis in Serpin-2 from the Malaria Vector Anopheles gambiae.
著者: Zhang, X. / Meekins, D.A. / An, C. / Zolkiewski, M. / Battaile, K.P. / Kanost, M.R. / Lovell, S. / Michel, K.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin 2
B: Serpin 2
C: Serpin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,3094
ポリマ－136,2173
非ポリマー921
水4,486249
1
A: Serpin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4982
ポリマ－45,4061
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serpin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4061
ポリマ－45,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serpin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4061
ポリマ－45,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.329, 42.264, 185.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
詳細There are 3 biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Serpin 2


分子量: 45405.629 Da / 分子数: 3 / 変異: S358E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: SRPN2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRare / 参照: UniProt: Q005N3, UniProt: Q7QIJ8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 100mM Bis-Tris Propane, 200 mM Sodium Malonate, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→93.15 Å / Num. obs: 80845 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2-2.043.50.5692.115190439099.7
10.39-93.153.10.01952.7196163297.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PZF

3pzf


解像度: 2→38.183 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 4050 5.01 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
obs0.1927 80802 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.51 Å2 / Biso mean: 41.1477 Å2 / Biso min: 18.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8306 0 6 249 8561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1511574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0243072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02350.30971330.258326192752100
2.0235-2.04820.29321200.254526182738100
2.0482-2.07410.34571430.253626242767100
2.0741-2.10140.3281340.25412646278099
2.1014-2.13020.34361490.243126302779100
2.1302-2.16060.26681260.227225782704100
2.1606-2.19290.28631270.22122634276199
2.1929-2.22710.2851330.220127132846100
2.2271-2.26370.29921470.211125552702100
2.2637-2.30270.2671460.209126172763100
2.3027-2.34460.29571500.208126832833100
2.3446-2.38960.26351530.205725852738100
2.3896-2.43840.26591410.196726442785100
2.4384-2.49140.24911130.186826672780100
2.4914-2.54940.24661550.184325742729100
2.5494-2.61310.23631550.186326812836100
2.6131-2.68370.28551480.196626262774100
2.6837-2.76270.24541300.185126462776100
2.7627-2.85180.26061440.185926412785100
2.8518-2.95370.24351340.181826512785100
2.9537-3.07190.2541350.191726782813100
3.0719-3.21170.23651550.199726452800100
3.2117-3.38090.25581400.192226192759100
3.3809-3.59260.23861130.1892704281799
3.5926-3.86970.211440.17712669281399
3.8697-4.25870.20781260.16322681280799
4.2587-4.87390.17141350.15022647278298
4.8739-6.13640.19941580.18222695285399
6.1364-38.18970.23211630.20212782294599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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