PDB-4rnc: Crystal structure of an esterase RhEst1 from Rhodococcus sp. ECU1013

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rnc

タイトル

Crystal structure of an esterase RhEst1 from Rhodococcus sp. ECU1013

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylesterase / carboxylesterase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. ECU1013 (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Dou, S. / Kong, X.D. / Xu, J.H. / Zhou, J.

引用

ジャーナル: CATALYSIS SCIENCE AND TECHNOLOGY / 年: 2015
タイトル: Substrate channel evolution of an esterase for the synthesis of Cilastatin
著者: Luan, Z.J. / L Li, F. / Dou, S. / Chen, Q. / Kong, X.D. / Zhou, J. / Yu, H.L. / Xu, J.H.

履歴

登録	2014年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rnc.cif.gz	174 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rnc.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rnc_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rnc_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	4rnc_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	4rnc_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3msq-4 4q3k-d 6luh-d 4f11-d 3msq-6 5z5h-d 3fai-2 6m3t-d 4jjp-d 2z0j-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

C: Esterase

ヘテロ分子

97.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Esterase

ヘテロ分子

C: Esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.926, 45.383, 77.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Esterase 分子量: 32433.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. ECU1013 (バクテリア) 株: ECU1013 isolated from soil / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A088CB91*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3 M Na/K Phosphate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月28日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 52476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	3.8	0.594	5179	1.096	1	100
2.02-2.1	3.9	0.433	5238	1.089	1	99.9
2.1-2.2	3.9	0.31	5175	1.077	1	99.9
2.2-2.31	4	0.233	5184	1.042	1	99.9
2.31-2.46	4	0.194	5212	1.074	1	100
2.46-2.65	4.1	0.156	5276	1.063	1	100
2.65-2.91	4.1	0.113	5217	1.09	1	100
2.91-3.33	4.1	0.081	5272	0.958	1	100
3.33-4.2	4.2	0.06	5284	1.083	1	99.9
4.2-50	4.1	0.043	5439	0.93	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.2176 / WR_factor R_work: 0.1645 / FOM work R set: 0.8325 / SU B: 4.279 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.1715 / SU R_free: 0.1539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2119	2674	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1608	-	-	-
obs	0.1635	52476	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.99 Å² / B_iso mean: 34.4 Å² / B_iso min: 19.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.65 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6063	0	12	597	6672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	6195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.951	8430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.861	3	13317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.412	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.032	23.253	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.712	15	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.767	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.777	3.243	3321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.777	3.241	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.727	4.848	4146

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	211	-
R_work	0.261	3591	-
all	-	3802	-
obs	-	-	98.7 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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