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万見
- PDB-4rlr: Structure of monoheme cytochrome PccH from Geobacter sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlr
タイトルStructure of monoheme cytochrome PccH from Geobacter sulfurreducens
要素Cytochrome c, 1 heme-binding site
キーワードELECTRON TRANSPORT / novel monoheme cytochrome / electrode
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PccH Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c, 1 heme-binding site
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Salgueiro, C.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The structure of PccH from Geobacter sulfurreducens - a novel low reduction potential monoheme cytochrome essential for accepting electrons from an electrode.
著者: Dantas, J.M. / Campelo, L.M. / Duke, N.E. / Salgueiro, C.A. / Pokkuluri, P.R.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c, 1 heme-binding site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8717
ポリマ－14,8621
非ポリマー1,0096
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytochrome c, 1 heme-binding site
ヘテロ分子

A: Cytochrome c, 1 heme-binding site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,74114
ポリマ－29,7242
非ポリマー2,01712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5450 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.311, 63.311, 78.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c, 1 heme-binding site


分子量: 14861.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
遺伝子: GSU3274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q747J2

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非ポリマー , 5種, 183分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystal screen #45 (0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000) diluted 4:1 by water, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.72202, 0.97927
検出器検出器: CCD / 日付: 2013年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.722021
20.979271
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 11316 / Num. obs: 11316 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 296 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.002→29.552 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 897 4.45 %random
Rwork0.1899 ---
obs0.1918 20138 97.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→29.552 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 55 177 1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4921497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.309363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0025-2.12790.25321550.21533280X-RAY DIFFRACTION100
2.1279-2.29210.39171340.32722913X-RAY DIFFRACTION89
2.2921-2.52270.29051490.21263260X-RAY DIFFRACTION100
2.5227-2.88750.27281540.19153274X-RAY DIFFRACTION100
2.8875-3.63690.21061610.17563255X-RAY DIFFRACTION100
3.6369-29.55490.16311440.15143259X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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