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- PDB-4rk0: Crystal structure of LacI family transcriptional regulator from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rk0
タイトルCrystal structure of LacI family transcriptional regulator from Enterococcus faecalis V583, Target EFI-512923, with bound ribose
要素LacI family sugar-binding transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / sugar binding / transcription regulation / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics / transcriptional factor / D-glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-ribofuranose / Sugar-binding transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of LacI Transcriptional Regulator Ef_2962 from Enterococcus faecalis V583, Target EFI-512923
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
B: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
C: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
D: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8628
ポリマ－123,2614
非ポリマー6014
水8,017445
1
A: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
B: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9314
ポリマ－61,6312
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
2
C: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
D: LacI family sugar-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9314
ポリマ－61,6312
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.919, 77.234, 91.805
Angle α, β, γ (deg.)87.72, 82.57, 84.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A0 - 336
2116B0 - 336
3116C0 - 336
4116D0 - 336

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.638395, 0.701512, -0.316755), (0.711832, 0.381521, -0.589692), (-0.292827, -0.601933, -0.742919)-6.65997, 7.4443, 8.58924
3given(0.999562, 0.026914, -0.012344), (-0.028534, 0.9869, -0.158791), (0.007909, 0.159074, 0.987235)-12.82913, -31.53878, -56.14484
4given(-0.65092, 0.634961, -0.416087), (0.697324, 0.283452, -0.658326), (-0.300071, -0.718665, -0.627278)-3.64139, 20.46951, 72.91203

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要素

#1: タンパク質
LacI family sugar-binding transcriptional regulator / Sugar-binding transcriptional regulator / LacI family


分子量: 30815.279 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 59-331 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌)
遺伝子: EF_2962, I574_00070, OO5_00598 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82ZT5
#2: 糖
ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, 10 mM D-glucose, reservoir: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl, 8.5 25.5% w/v PEG4000, 15% w/v glycerol, ...詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, 10 mM D-glucose, reservoir: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl, 8.5 25.5% w/v PEG4000, 15% w/v glycerol, cryoprotectant = reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 93664 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 26.474 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.69 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CTP

3ctp


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.578 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22271 2750 3 %RANDOM
Rwork0.16999 ---
obs0.17168 87918 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-1.33 Å2-0.67 Å2
2--0.64 Å21.55 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8475 0 40 445 8960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.97411862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.823319585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1651084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33225.186403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.702151546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5951545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.1185.5624300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.1075.5594299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.228.6375372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.2338.645373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it19.2927.1074430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other19.2927.1074430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other18.43310.3436483
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.59620.85210038
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.70320.7919885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4111 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.732
2BLOOSE POSITIONAL0.662
3CLOOSE POSITIONAL0.662
4DLOOSE POSITIONAL0.642
1ALOOSE THERMAL7.8410
2BLOOSE THERMAL10.210
3CLOOSE THERMAL9.2410
4DLOOSE THERMAL9.3310
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 172 -
Rwork0.277 6540 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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