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- PDB-4rj6: EGFR kinase (T790M/L858R) with inhibitor compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rj6
タイトルEGFR kinase (T790M/L858R) with inhibitor compound 4
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / protein kinase / phosphotransfer catalyst / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3R0 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Yu, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Selective and Noncovalent Diaminopyrimidine-Based Inhibitors of Epidermal Growth Factor Receptor Containing the T790M Resistance Mutation.
著者: Hanan, E.J. / Eigenbrot, C. / Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Dotson, J. / Heald, R.A. / Jackson, P.S. / La, H. / Lainchbury, M.D. / Malek, S. / Purkey, H.E. / Schaefer, ...著者: Hanan, E.J. / Eigenbrot, C. / Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Dotson, J. / Heald, R.A. / Jackson, P.S. / La, H. / Lainchbury, M.D. / Malek, S. / Purkey, H.E. / Schaefer, G. / Schmidt, S. / Seward, E.M. / Sideris, S. / Tam, C. / Wang, S. / Yeap, S.K. / Yen, I. / Yin, J. / Yu, C. / Zilberleyb, I. / Heffron, T.P.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0373
ポリマ－37,5491
非ポリマー4872
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.272, 146.272, 146.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37549.398 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 695-1022) / 変異: T790M, L858R, E865A, E866A, K867A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-3R0 / N-[2-(4-methoxypiperidin-1-yl)pyrimidin-4-yl]-2-(1H-pyrazol-4-yl)-3H-imidazo[4,5-c]pyridin-6-amine


分子量: 391.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N9O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 10,000, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 14434 / Num. obs: 14414 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 74.79 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
B3データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M17

1m17


解像度: 2.7→46.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9368 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9216 / SU R Cruickshank DPI: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 614 4.26 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2086 14414 99.63 %-
all-14434 --
原子変位パラメータBiso mean: 64.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.409 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 34 4 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.093355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0867SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes057HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0345HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it02478HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.62
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0319SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02800SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.92 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 107 3.62 %
Rwork0.2347 2849 -
all0.2365 2956 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32460.051-0.41180.04220.55923.6642-0.023-0.04840.0342-0.09470.0428-0.0754-0.09760.4983-0.01980.0454-0.08340.06580.00350.0132-0.0175-54.63367.1203-31.0991
21.4140.654-0.48353.1552-0.8831.385-0.0651-0.0915-0.2138-0.3327-0.1134-0.4540.17650.22440.1785-0.0369-0.00970.095-0.0560.0415-0.074-61.033-15.7851-22.0923
30.1132-2.0803-1.27961.05561.88882.4004-0.0017-0.10110.05620.01130.0117-0.0404-0.04510.0118-0.010.1317-0.14030.02730.0856-0.04730.0672-63.47168.5618-9.3548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|697 - A|786 A|1010 - A|1018 }A697 - 786
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|697 - A|786 A|1010 - A|1018 }A1010 - 1018
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|987 A|1102 - A|1102 }A787 - 987
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|987 A|1102 - A|1102 }A1102
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|988 - A|1009 }A988 - 1009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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