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万見
- PDB-4rj4: EGFR kinase (T790M/L858R) with inhibitor compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rj4
タイトルEGFR kinase (T790M/L858R) with inhibitor compound 6
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTransferase/transferase inhibitor / protein kinase / phosphotransfer catalyst / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / hydrogen peroxide metabolic process / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / ERBB2-EGFR signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of JNK cascade / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of phosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of DNA repair / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / cellular response to dexamethasone stimulus / neurogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection morphogenesis / basal plasma membrane / epithelial cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / liver regeneration / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / lung development / EGFR downregulation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of protein catabolic process / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / positive regulation of miRNA transcription / cell-cell adhesion / peptidyl-tyrosine phosphorylation / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3QW / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Yu, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Selective and Noncovalent Diaminopyrimidine-Based Inhibitors of Epidermal Growth Factor Receptor Containing the T790M Resistance Mutation.
著者: Hanan, E.J. / Eigenbrot, C. / Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Dotson, J. / Heald, R.A. / Jackson, P.S. / La, H. / Lainchbury, M.D. / Malek, S. / Purkey, H.E. / Schaefer, ...著者: Hanan, E.J. / Eigenbrot, C. / Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Dotson, J. / Heald, R.A. / Jackson, P.S. / La, H. / Lainchbury, M.D. / Malek, S. / Purkey, H.E. / Schaefer, G. / Schmidt, S. / Seward, E.M. / Sideris, S. / Tam, C. / Wang, S. / Yeap, S.K. / Yen, I. / Yin, J. / Yu, C. / Zilberleyb, I. / Heffron, T.P.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9822
ポリマ－37,5491
非ポリマー4331
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.559, 146.559, 146.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37549.398 Da / 分子数: 1 / 変異: T790M, L858R, E865A, E866A, K867A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3QW / N-[2-(4-methoxypiperidin-1-yl)pyrimidin-4-yl]-1-(propan-2-yl)-2-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-6-amine


分子量: 432.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 10,000, ethyene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→59.83 Å / Num. all: 13292 / Num. obs: 13291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 74.46 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 28.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
B3データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M17

1m17


解像度: 2.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 570 4.29 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1898 13291 99.53 %-
all-13292 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.366 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 0 32 3 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092491HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13373HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1873SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0347HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it02491HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.31
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0321SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02778SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.78→3 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 106 3.99 %
Rwork0.2034 2551 -
all0.2051 2657 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84670.3967-0.5630.26980.54584.2873-0.0126-0.1508-0.0234-0.05940.0096-0.1241-0.18120.54420.00290.0228-0.08030.0722-0.01630.0186-0.0223-54.86387.9136-30.3821
21.32890.8963-0.38063.1944-1.00681.5062-0.1069-0.1359-0.2372-0.3903-0.1494-0.43740.23080.2380.2563-0.03960.02740.1078-0.05540.0641-0.0879-61.0519-15.7194-22.1485
31.1156-1.3967-0.76380.29380.08570.3786-0.0072-0.06190.01960.04310.00190.0094-0.0056-0.01990.00530.0597-0.088-0.01260.09730.0867-0.0481-65.03364.4707-7.4326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|697 - A|786 A|1005 - A|1018 }A697 - 786
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|697 - A|786 A|1005 - A|1018 }A1005 - 1018
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|987 A|1101 - A|1101 }A787 - 987
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|987 A|1101 - A|1101 }A1101
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|988 - A|998 }A988 - 998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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