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- PDB-4ri1: Crystal structure of Helicobacter pylori pseudaminic acid biosynt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ri1
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori pseudaminic acid biosynthesis N -acetyltransferase PseH complex with acetyl-coA
要素UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GNAT family / N-acetyl transferase / acetyl-CoA / none
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ACETATE ION / UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Ud-Din, A.I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Helicobacter pylori Pseudaminic Acid Biosynthesis N-Acetyltransferase PseH: Implications for Substrate Specificity and Catalysis.
著者: Ud-Din, A.I. / Liu, Y.C. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2014年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
B: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
C: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6529
ポリマ－66,0463
非ポリマー2,6066
水4,107228
1
A: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7686
ポリマ－44,0312
非ポリマー1,7374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area4740 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
2
B: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
C: UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7686
ポリマ－44,0312
非ポリマー1,7374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.830, 145.620, 166.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1453-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase / Pseudaminic acid biosynthesis protein H


分子量: 22015.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0327, HP_0327, pseH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: O25094, UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.1 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.9 M diammonium tartrate, 80 mM sodium acetate trihydrate pH 4.2, 3 mM acetyl-CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 2930.9 M diammonium tartrate, 80 mM sodium acetate trihydrate pH ...詳細: 0.9 M diammonium tartrate, 80 mM sodium acetate trihydrate pH 4.2, 3 mM acetyl-CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 2930.9 M diammonium tartrate, 80 mM sodium acetate trihydrate pH 4.2 and acetyl-CoA at a concentration of 3 mMK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 54332 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 168694 / Observed criterion σ(I): 168694

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3→29.989 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 2746 5.06 %5% omitted at random
Rwork0.1776 ---
obs0.1796 54302 93.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4480 0 165 228 4873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0516454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0821735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33970.37731330.28522617X-RAY DIFFRACTION96
2.3397-2.38220.34241390.27472604X-RAY DIFFRACTION96
2.3822-2.4280.30321330.25742626X-RAY DIFFRACTION95
2.428-2.47750.31281520.25692592X-RAY DIFFRACTION95
2.4775-2.53140.29991360.24362599X-RAY DIFFRACTION95
2.5314-2.59020.26011580.2222589X-RAY DIFFRACTION95
2.5902-2.6550.2611420.22292600X-RAY DIFFRACTION95
2.655-2.72670.25831410.2142613X-RAY DIFFRACTION95
2.7267-2.80690.26631230.20912594X-RAY DIFFRACTION94
2.8069-2.89740.23861200.20892597X-RAY DIFFRACTION94
2.8974-3.00090.26161350.20612634X-RAY DIFFRACTION94
3.0009-3.12090.21931460.1832542X-RAY DIFFRACTION94
3.1209-3.26280.23221280.1762600X-RAY DIFFRACTION93
3.2628-3.43460.21881480.18142555X-RAY DIFFRACTION93
3.4346-3.64940.2261400.17112539X-RAY DIFFRACTION92
3.6494-3.93060.19411390.15832562X-RAY DIFFRACTION92
3.9306-4.32510.1811310.13692549X-RAY DIFFRACTION91
4.3251-4.94860.15151430.12482537X-RAY DIFFRACTION91
4.9486-6.22550.19361290.14942466X-RAY DIFFRACTION87
6.2255-29.99110.16831300.15452541X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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