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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rhl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. brucei arginase-like protein triple mutant S149D/R151H/S226D bound with Mn2+ | ||||||
要素 | Arginase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / arginase-deacetylase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / arginine metabolic process / arginase / arginase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hai, Y. / Barrett, M.P. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Crystal Structure of an Arginase-like Protein from Trypanosoma brucei That Evolved without a Binuclear Manganese Cluster. 著者: Hai, Y. / Kerkhoven, E.J. / Barrett, M.P. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rhl.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rhl.ent.gz | 100.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rhl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rhl_validation.pdf.gz | 452 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rhl_full_validation.pdf.gz | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rhl_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rhl_validation.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38769.223 Da / 分子数: 2 / 変異: S149D, R151H, S226D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.8.2020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q581Y0, arginase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% (v/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M imidazole, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 16959 / Num. obs: 16959 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4RHK 解像度: 3.1→48.609 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.609 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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