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- PDB-4rh7: Crystal structure of human cytoplasmic dynein 2 motor domain in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rh7
タイトルCrystal structure of human cytoplasmic dynein 2 motor domain in complex with ADP.Vi
要素Green fluorescent protein/Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1
キーワードMOTOR PROTEIN / AAA+ protein / dynein motor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary retrograde transport / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / spinal cord motor neuron differentiation / ciliary tip / Intraflagellar transport / minus-end-directed microtubule motor activity / coronary vasculature development / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium ...intraciliary retrograde transport / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / spinal cord motor neuron differentiation / ciliary tip / Intraflagellar transport / minus-end-directed microtubule motor activity / coronary vasculature development / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / dynein intermediate chain binding / Golgi organization / cytoskeletal motor activity / axoneme / Hedgehog 'off' state / forebrain development / kidney development / cilium / protein processing / apical part of cell / microtubule / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1, AAA+ ATPase domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 ...: / Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1, AAA+ ATPase domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP ORTHOVANADATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Schmidt, H. / Zalyte, R. / Urnavicius, L. / Carter, A.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of human cytoplasmic dynein-2 primed for its power stroke.
著者: Schmidt, H. / Zalyte, R. / Urnavicius, L. / Carter, A.P.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein/Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,9177
ポリマ－392,9631
非ポリマー1,9546
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.030, 487.150, 276.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Green fluorescent protein/Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1


分子量: 392963.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NCM8
#2: 化合物 ChemComp-AOV / ADP ORTHOVANADATE


分子量: 544.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O14P2V / コメント: エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: mixing equal volumes of protein (8mg/ml) and reservoir solution (4-6 % PEG 6000 and 0.1 M Tris pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.4→56.5 Å / Num. obs: 78411 / % possible obs: 62.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.41→56.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 35.363 / SU ML: 0.532 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.643 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28546 3915 5 %RANDOM
Rwork0.23746 ---
obs0.23989 74060 62.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 114.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→56.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22697 0 119 0 22816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01923272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0221480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.96631669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.846349143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26953000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.23424.481973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.385153715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.715121
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0226721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.24112.30712015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.24112.30612014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.70618.45115010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.67718.43915011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.50811.82811257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.49311.81211256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.65617.58516656
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined25.39101750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other25.39101751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.406→3.494 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.541 14 -
Rwork0.345 209 -
obs--2.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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